এন্টিফাংগেল এজেণ্ট আৰু সাধাৰণ খাদ্য সংযোজক প্ৰপিয়নিক এচিড (PPA) এ এন্দুৰত গেষ্ট্ৰাইটিছৰ অকাৰ্য্যকৰীতাৰ সৈতে অস্বাভাৱিক স্নায়ুবিকাশৰ সৃষ্টি কৰা দেখা গৈছে, যিটো আন্ত্ৰিক ডিছবায়’ছিছৰ ফলত হ’ব পাৰে। খাদ্যৰ পিপিএৰ সংস্পৰ্শ আৰু আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’টা ডিছবায়’ছিছৰ মাজত এটা সম্পৰ্ক থকাৰ কথা কোৱা হৈছে যদিও প্ৰত্যক্ষভাৱে অনুসন্ধান কৰা হোৱা নাই। ইয়াত আমি আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’টাৰ গঠনত পিপিএ-সংক্ৰান্তীয় পৰিৱৰ্তন অনুসন্ধান কৰিলোঁ যিয়ে ডিছবায়’ছিছৰ সৃষ্টি কৰিব পাৰে। মাইক্ৰ’বায়’লজিকেলৰ গঠন আৰু বেক্টেৰিয়াৰ বিপাকীয় পথৰ পাৰ্থক্য মূল্যায়ন কৰিবলৈ দীৰ্ঘ দূৰত্বৰ মেটাজিন’মিক ​​ক্ৰমবিন্যাস ব্যৱহাৰ কৰি অচিকিৎসাধীন খাদ্য (n=9) আৰু পিপিএ সমৃদ্ধ খাদ্য (n=13) খুৱাই দিয়া এন্দুৰৰ আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’ম ক্ৰমবিন্যাস কৰা হৈছিল। খাদ্যৰ পিপিএ কেইবাটাও বেক্টেৰ'ইডছ, প্ৰেভ'টেলা আৰু ৰুমিনোককাছ প্ৰজাতিকে ধৰি উল্লেখযোগ্য ট্যাক্সাসমূহৰ প্ৰাচুৰ্য্য বৃদ্ধিৰ সৈতে জড়িত আছিল, যাৰ সদস্যসমূহ পূৰ্বতে পিপিএ উৎপাদনৰ সৈতে জড়িত আছিল। পিপিএৰ সংস্পৰ্শলৈ অহা এন্দুৰৰ মাইক্ৰ’বায়’মতো লিপিড বিপাকীয় ক্ৰিয়া আৰু ষ্টেৰইড হৰম’ন জৈৱসংশ্লেষণৰ সৈতে জড়িত অধিক পথ আছিল। আমাৰ ফলাফলসমূহে ইংগিত দিয়ে যে পিপিএই আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’টা আৰু ইয়াৰ লগত জড়িত বিপাকীয় পথসমূহ সলনি কৰিব পাৰে। এই পৰ্যবেক্ষণ কৰা পৰিৱৰ্তনসমূহে এই কথা উজ্জ্বল কৰি তুলিছে যে খোৱাৰ বাবে নিৰাপদ বুলি শ্ৰেণীভুক্ত কৰা সংৰক্ষকসমূহে আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’টাৰ গঠন আৰু পাছলৈ মানুহৰ স্বাস্থ্যক প্ৰভাৱিত কৰিব পাৰে।
মানুহৰ মাইক্ৰ’বায়’মক প্ৰায়ে “শৰীৰৰ শেষ অংগ” বুলি কোৱা হয় আৰু ই মানুহৰ স্বাস্থ্যত গুৰুত্বপূৰ্ণ ভূমিকা পালন কৰে (Baquero and Nombela, 2012)। বিশেষকৈ আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’মটোৱে ইয়াৰ ব্যৱস্থাব্যাপী প্ৰভাৱ আৰু বহুতো প্ৰয়োজনীয় কামত ভূমিকা লোৱাৰ বাবে স্বীকৃতি লাভ কৰিছে। কমেন্সাল বেক্টেৰিয়া আন্ত্ৰিক অংশত প্ৰচুৰ পৰিমাণে থাকে, একাধিক পৰিৱেশগত নিচ দখল কৰে, পুষ্টিকৰ পদাৰ্থ ব্যৱহাৰ কৰে, আৰু সম্ভাৱ্য ৰোগকাৰক জীৱাণুৰ সৈতে প্ৰতিযোগিতা কৰে (Jandhyala et al., 2015)। আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’টাৰ বিভিন্ন বেক্টেৰিয়াৰ উপাদানসমূহে ভিটামিনৰ দৰে প্ৰয়োজনীয় পুষ্টিকৰ উপাদান উৎপাদন কৰিবলৈ সক্ষম আৰু হজম শক্তি বৃদ্ধি কৰিবলৈ সক্ষম (Rowland et al., 2018)। বেক্টেৰিয়াৰ বিপাকীয় পদাৰ্থই কলাৰ বিকাশত প্ৰভাৱ পেলোৱা আৰু বিপাকীয় আৰু প্ৰতিৰোধ ক্ষমতা বৃদ্ধি কৰা দেখা গৈছে (Heijtz et al., 2011; Yu et al., 2022)। মানুহৰ আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’মৰ গঠন অত্যন্ত বৈচিত্ৰময় আৰু ই খাদ্য, লিংগ, ঔষধ, আৰু স্বাস্থ্যৰ অৱস্থাৰ দৰে জিনীয় আৰু পৰিৱেশগত কাৰকৰ ওপৰত নিৰ্ভৰ কৰে (Kumbhare et al., 2019)।
মাতৃৰ খাদ্য ভ্ৰুণ আৰু নৱজাতকৰ বিকাশৰ এটা জটিল উপাদান আৰু বিকাশত প্ৰভাৱ পেলাব পৰা যৌগসমূহৰ এটা অনুমানিক উৎস (Bazer et al., 2004; Innis, 2014)। তেনে এটা আগ্ৰহৰ যৌগ হৈছে প্ৰপিয়নিক এচিড (PPA), বেক্টেৰিয়াৰ কিম্বন আৰু খাদ্য সংযোজনৰ পৰা পোৱা এটা চুটি শৃংখলাযুক্ত ফেটি এচিডৰ উপ-উৎপাদন (den Besten et al., 2013)। পিপিএৰ এন্টিবেক্টেৰিয়েল আৰু এন্টিফাংগেল গুণ আছে আৰু সেয়েহে ইয়াক খাদ্য সংৰক্ষক হিচাপে আৰু ঔদ্যোগিক প্ৰয়োগত ছাই আৰু বেক্টেৰিয়াৰ বৃদ্ধিত বাধা দিবলৈ ব্যৱহাৰ কৰা হয় (Wemmenhove et al., 2016)। বিভিন্ন কলাত পিপিএৰ বিভিন্ন প্ৰভাৱ থাকে। যকৃতত পিপিএই মেক্ৰ’ফেজত চাইট’কাইন প্ৰকাশক প্ৰভাৱিত কৰি প্ৰদাহ নিবাৰণকাৰী প্ৰভাৱ পেলায় (Kawasoe et al., 2022)। এই নিয়ন্ত্ৰণ প্ৰভাৱ অন্যান্য প্ৰতিৰোধ কোষতো দেখা গৈছে, যাৰ ফলত প্ৰদাহৰ নিয়ন্ত্ৰণ হ্ৰাস পায় (Haase et al., 2021)। কিন্তু ইয়াৰ বিপৰীত প্ৰভাৱ মগজুত দেখা গৈছে। পূৰ্বৰ গৱেষণাই দেখুৱাইছে যে পিপিএৰ সংস্পৰ্শই এন্দুৰত অটিজিমৰ দৰে আচৰণৰ সৃষ্টি কৰে (El-Ansary et al., 2012)। আন আন গৱেষণাৰ পৰা দেখা গৈছে যে পিপিএই মগজুত গ্লিঅ’ছিছ প্ৰৰোচিত কৰিব পাৰে আৰু প্ৰ’-ইনফ্লেমেটৰী পথ সক্ৰিয় কৰিব পাৰে (Abdelli et al., 2019)। যিহেতু পিপিএ এটা দুৰ্বল এচিড, ই অন্ত্ৰৰ এপিথেলিয়ামৰ মাজেৰে তেজৰ সোঁতলৈ বিয়পিব পাৰে আৰু এইদৰে তেজ-মগজুৰ বাধাৰ লগতে প্লেচেন্টাকে ধৰি নিষেধাজ্ঞামূলক বাধাসমূহ অতিক্ৰম কৰিব পাৰে (Stinson et al., 2019), যিয়ে বেক্টেৰিয়াই উৎপন্ন কৰা নিয়ন্ত্ৰক বিপাকীয় পদাৰ্থ হিচাপে পিপিএৰ গুৰুত্বৰ ওপৰত আলোকপাত কৰে। যদিও অটিজিমৰ বাবে বিপদজনক কাৰক হিচাপে পিপিএৰ সম্ভাৱ্য ভূমিকা বৰ্তমান অনুসন্ধানৰ অধীনত আছে, অটিজিম ৰোগী ব্যক্তিৰ ওপৰত ইয়াৰ প্ৰভাৱ স্নায়ুৰ পাৰ্থক্য প্ৰৰোচিত কৰাৰ বাহিৰেও বিস্তৃত হ’ব পাৰে।
স্নায়ুৰ বিকাশৰ বিকাৰগ্ৰস্ত ৰোগীৰ ক্ষেত্ৰত ডায়েৰিয়া আৰু কোষ্ঠকাঠিন্যৰ দৰে গেষ্ট্ৰাইটিছৰ লক্ষণ সাধাৰণতে দেখা যায় (Cao et al., 2021)। পূৰ্বৰ গৱেষণাৰ পৰা দেখা গৈছে যে অটিজিম স্পেকট্ৰম ডিছঅৰ্ডাৰ (ASD) ৰোগীৰ মাইক্ৰ’বায়’ম সুস্থ ব্যক্তিৰ তুলনাত পৃথক, ইয়াৰ পৰা আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’টা ডিছবায়’ছিছৰ উপস্থিতিৰ কথা অনুমান কৰিব পাৰি (Finegold et al., 2010)। একেদৰে প্ৰদাহজনিত আন্ত্ৰিক ৰোগ, মেদবহুলতা, এলঝেইমাৰ ৰোগ আদি ৰোগীৰ মাইক্ৰ’বায়’মৰ বৈশিষ্ট্যও সুস্থ ব্যক্তিৰ পৰা পৃথক (Turnbaugh et al., 2009; Vogt et al., 2017; Henke et al., 2019)। কিন্তু আজিলৈকে আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’ম আৰু স্নায়ুজনিত ৰোগ বা লক্ষণৰ মাজত কোনো কাৰণগত সম্পৰ্ক স্থাপন কৰা হোৱা নাই (Yap et al., 2021), যদিও এই ৰোগৰ কিছুমান অৱস্থাত কেইবাটাও বেক্টেৰিয়া প্ৰজাতিয়ে ভূমিকা পালন কৰে বুলি ভবা হয়। উদাহৰণস্বৰূপে, অটিজিম ৰোগীৰ মাইক্ৰ’বায়’টাত আকাৰমেনচিয়া, বেক্টেৰ’ইডছ, ক্লষ্ট্ৰিডিয়াম, লেক্ট’বেচিলাছ, ডেছালফ’ভাইব্ৰিয়া আৰু অন্যান্য গোত্ৰসমূহ অধিক প্ৰচুৰ পৰিমাণে পোৱা যায় (Tomova et al., 2015; Golubeva et al., 2017; Cristiano et al., 2018; Zurita et al., 2020)। উল্লেখযোগ্য যে এই গোত্ৰসমূহৰ কিছুমানৰ সদস্য প্ৰজাতিৰ পিপিএ উৎপাদনৰ সৈতে জড়িত জিন থকা বুলি জনা যায় (Reichardt et al., 2014; Yun and Lee, 2016; Zhang et al., 2019; Baur and Dürre, 2023)। পিপিএৰ এন্টিমাইক্ৰ’বিয়াল গুণৰ প্ৰতি লক্ষ্য ৰাখি ইয়াৰ প্ৰাচুৰ্য্য বৃদ্ধি কৰাটো পিপিএ উৎপাদনকাৰী বেক্টেৰিয়াৰ বৃদ্ধিৰ বাবে উপকাৰী হ’ব পাৰে (Jacobson et al., 2018)। এইদৰে পিএফএ সমৃদ্ধ পৰিৱেশে গেষ্ট্ৰাইটিছৰ ৰোগ সৃষ্টিকাৰী জীৱাণুকে ধৰি আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’টাৰ পৰিৱৰ্তন ঘটাব পাৰে, যিবোৰ গেষ্ট্ৰাইটিছৰ লক্ষণৰ কাৰণ হ’ব পাৰে।
মাইক্ৰ’বায়’ম গৱেষণাৰ এটা কেন্দ্ৰীয় প্ৰশ্ন হ’ল অণুজীৱৰ গঠনৰ পাৰ্থক্য অন্তৰ্নিহিত ৰোগৰ কাৰণ বা লক্ষণ নেকি? খাদ্য, আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’ম আৰু স্নায়ুজনিত ৰোগৰ মাজৰ জটিল সম্পৰ্ক স্পষ্ট কৰাৰ দিশত প্ৰথম পদক্ষেপটো হ’ল অণুজীৱৰ গঠনৰ ওপৰত খাদ্যৰ প্ৰভাৱৰ মূল্যায়ন কৰা। এই উদ্দেশ্যে আমি পিপিএ সমৃদ্ধ বা পিপিএ-ক্ষীণ খাদ্য খুৱাই দিয়া এন্দুৰৰ সন্তানৰ আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’ম তুলনা কৰিবলৈ দীৰ্ঘদিনীয়া পঢ়া মেটাজিন’মিক ​​ক্ৰমবিন্যাস ব্যৱহাৰ কৰিলোঁ। সন্তানকো মাতৃৰ দৰেই খাদ্য খুৱাইছিল। আমি অনুমান কৰিলোঁ যে পিপিএ সমৃদ্ধ খাদ্যৰ ফলত আন্ত্ৰিক অণুজীৱৰ গঠন আৰু অণুজীৱৰ কাৰ্য্যকৰী পথৰ পৰিৱৰ্তন হ'ব, বিশেষকৈ পিপিএ বিপাকীয় ক্ৰিয়া আৰু/বা পিপিএ উৎপাদনৰ সৈতে জড়িত।
এই অধ্যয়নত ইউনিভাৰ্চিটি অৱ চেণ্ট্ৰেল ফ্ল’ৰিডা ইনষ্টিটিউচনেল এনিমেল কেয়াৰ এণ্ড ইউজ কমিটি (UCF-IACUC) (এনিমেল ইউজ পাৰ্মিট নম্বৰ: PROTO20200002)ৰ নিৰ্দেশনা অনুসৰণ কৰি গ্লিয়া-নিৰ্দিষ্ট GFAP প্ৰ’ম’টাৰৰ নিয়ন্ত্ৰণত গ্ৰীণ ফ্লু’ৰেচেণ্ট প্ৰ’টিন (GFP) অতিমাত্ৰা প্ৰকাশ কৰা FVB/N-Tg(GFAP-GFP)14Mes/J ট্ৰেন্সজেনিক এন্দুৰ (Jackson Laboratories) ব্যৱহাৰ কৰা হৈছিল। গাখীৰ এৰাৰ পিছত এন্দুৰক পৃথকে পৃথকে পিঞ্জৰাত ৰখা হৈছিল আৰু প্ৰতিটো পিঞ্জৰাত প্ৰতিটো লিংগৰ ১–৫টা এন্দুৰ আছিল। এন্দুৰক হয় বিশুদ্ধ নিয়ন্ত্ৰণ খাদ্য (পৰিৱৰ্তিত মুকলি লেবেলৰ মানক খাদ্য, ১৬ কিলোকেলৰি% চৰ্বি) বা ছডিয়াম প্ৰপিঅ’নেট পৰিপূৰক খাদ্য (সংশোধিত মুকলি লেবেলৰ মানক খাদ্য, ১৬ কিলোকেলৰি% চৰ্বি, ৫,০০০ পিপিএম ছডিয়াম প্ৰপিঅ’নেট যুক্ত) খুৱাই দিয়া হৈছিল। ব্যৱহৃত ছডিয়াম প্ৰপিঅ’নেটৰ পৰিমাণ ৫,০০০ মিলিগ্ৰাম পিএফএ/কিলোগ্ৰাম মুঠ খাদ্য ওজনৰ সমতুল্য আছিল। খাদ্য সংৰক্ষক হিচাপে ব্যৱহাৰৰ বাবে অনুমোদিত পিপিএৰ এইটোৱেই সৰ্বাধিক ঘনত্ব। এই অধ্যয়নৰ বাবে প্ৰস্তুতি চলাবলৈ পিতৃ-মাতৃ এন্দুৰক সংগমৰ পূৰ্বে ৪ সপ্তাহলৈকে দুয়োটা খাদ্য খুৱাইছিল আৰু বান্ধৰ গোটেই গৰ্ভাৱস্থাটো চলাই গৈছিল। সন্তানৰ এন্দুৰ [২২টা এন্দুৰ, ৯টা নিয়ন্ত্ৰণ (৬টা মতা, ৩টা মাইকী) আৰু ১৩টা পিপিএ (৪টা মতা, ৯টা মাইকী)] গাখীৰ এৰা কৰা হৈছিল আৰু তাৰ পিছত ৫ মাহ ধৰি বান্ধৰ দৰে একে খাদ্য গ্ৰহণ কৰা হৈছিল। ৫ মাহ বয়সত সন্তানৰ এন্দুৰক বলি দিয়া হৈছিল আৰু ইয়াৰ অন্ত্ৰৰ মলৰ পৰিমাণ সংগ্ৰহ কৰি প্ৰথমে ১.৫ মিলিলিটাৰ মাইক্ৰ’চেণ্ট্ৰিফিউজ টিউবত -২০ ডিগ্ৰী চেলছিয়াছত সংৰক্ষণ কৰা হৈছিল আৰু তাৰ পিছত -৮০ ডিগ্ৰী চেলছিয়াছ ফ্ৰীজাৰত স্থানান্তৰ কৰা হৈছিল যেতিয়ালৈকে গৃহস্থৰ ডি এন এ শেষ নহয় আৰু মাইক্ৰ’বিয়াল নিউক্লিক এচিড নিষ্কাশন কৰা হোৱা নাছিল।
গৃহস্থৰ ডি এন এ এটা পৰিৱৰ্তিত প্ৰট’কল অনুসৰি আঁতৰোৱা হৈছিল (Charalampous et al., 2019)। চমুকৈ ক’বলৈ গ’লে, মলৰ পৰিমাণ ৫০০ μl InhibitEX (Qiagen, Cat#/ID: 19593) লৈ স্থানান্তৰিত কৰি ফ্ৰীজত সংৰক্ষণ কৰা হৈছিল। প্ৰতিটো নিষ্কাশনত সৰ্বাধিক ১-২টা মলৰ গুটি প্ৰক্ৰিয়াকৰণ কৰক। তাৰ পিছত নলীৰ ভিতৰত প্লাষ্টিকৰ পেষ্টল ব্যৱহাৰ কৰি মলৰ ভিতৰৰ বস্তুবোৰ যান্ত্ৰিকভাৱে একাকাৰ কৰি এটা গোবৰ গঠন কৰা হৈছিল। 10,000 RCF ত 5 মিনিট বা নমুনাবোৰ পেলেট নোহোৱালৈকে কেন্দ্ৰচালিত কৰক, তাৰ পিছত চুপাৰনেটেণ্টটো এস্পিৰেট কৰি পেলেটটো 250 μl 1× PBS ত পুনৰ স্থলবন্দী কৰক। ইউকেৰিয়াম কোষৰ আৱৰণ ঢিলা কৰিবলৈ ডিটাৰজেণ্ট হিচাপে নমুনাত ২৫০ μl ৪.৪% চেপনিন দ্ৰৱ (TCI, প্ৰডাক্ট নম্বৰ S0019) যোগ কৰক। নমুনাবোৰ মসৃণ হোৱালৈকে লাহে লাহে মিহলাই কোঠাৰ উষ্ণতাত ১০ মিনিট ইনকিউবেট কৰা হ’ল। ইয়াৰ পিছত ইউকেৰিয়াম কোষক বিঘ্নিত কৰিবলৈ নমুনাত ৩৫০ μl নিউক্লিয়েজমুক্ত পানী যোগ কৰি ৩০ ছেকেণ্ডৰ বাবে ইনকিউবেট কৰা হৈছিল আৰু তাৰ পিছত ১২ μl ৫ M NaCl যোগ কৰা হৈছিল। তাৰ পিছত নমুনাবোৰ ৬০০০ আৰ চি এফত ৫ মিনিটৰ বাবে কেন্দ্ৰচালিত কৰা হ’ল। চুপাৰনেটেণ্টটো এস্পিৰেট কৰি পেলেটটো ১০০ μl ১X পিবিএছত পুনৰ স্থলবন্দী কৰক। গৃহস্থৰ ডি এন এ আঁতৰাবলৈ ১০০ μl HL-SAN বাফাৰ (১২.৮৫৬৮ গ্ৰাম NaCl, ৪ মিলিলিটাৰ ১M MgCl2, ৩৬ মিলিলিটাৰ নিউক্লিয়েজ-মুক্ত পানী) আৰু ১০ μl HL-SAN এনজাইম (ArticZymes P/N 70910-202) যোগ কৰক। নমুনাবোৰ পিপেটিং কৰি ভালদৰে মিহলাই ৩৭ ডিগ্ৰী চেলছিয়াছত ৩০ মিনিটৰ বাবে ৮০০ আৰ পি এমত এপেনডৰ্ফTM থাৰ্মোমিক্সাৰ চিত ইনকিউবেট কৰা হয়। ইনকিউবেচনৰ পিছত ৬০০০ আৰ চি এফত ৩ মিনিটৰ বাবে কেন্দ্ৰচালিত কৰা হয় আৰু ৮০০ μl আৰু ১০০০ μl ১X PBS ৰে দুবাৰ ধুই লোৱা হয়। শেষত পেলেটটো ১০০ μl ১X PBS ত পুনৰ স্থলবন্দী কৰক।
নিউ ইংলেণ্ড বায়’লেবছ মনাৰ্ক জিন’মিক ​​ডি এন এ পিউৰিফিকেশন কিট (নিউ ইংলেণ্ড বায়’লেবছ, ইপছৱিচ, এম এ, কেট# টি৩০১০এল) ব্যৱহাৰ কৰি মুঠ বেক্টেৰিয়াৰ ডি এন এ পৃথক কৰা হৈছিল। কিটৰ সৈতে প্ৰদান কৰা মানক অপাৰেটিং পদ্ধতি সামান্য পৰিৱৰ্তন কৰা হৈছে। চূড়ান্ত এলুচনৰ বাবে কাৰ্য্যৰ পূৰ্বে নিউক্লিয়েজমুক্ত পানী ৬০ ডিগ্ৰী চেলছিয়াছত ইনকিউবেট আৰু ৰখা। প্ৰতিটো নমুনাত ১০ μl প্ৰটিনেজ K আৰু ৩ μl RNase A যোগ কৰক। তাৰ পিছত ১০০ μl Cell Lysis Buffer যোগ কৰি লাহে লাহে মিহলাই লওক। তাৰ পিছত নমুনাবোৰক এপেনডৰ্ফTM থাৰ্মোমিক্সাৰ চিত ৫৬ ডিগ্ৰী চেলছিয়াছ আৰু ১৪০০ আৰ পি এমত কমেও ১ ঘণ্টা আৰু ৩ ঘণ্টালৈকে ইনকিউবেট কৰা হৈছিল। ইনকিউবেট কৰা নমুনাবোৰ ১২,০০০ আৰ চি এফত ৩ মিনিটৰ বাবে কেন্দ্ৰচালিত কৰা হৈছিল আৰু প্ৰতিটো নমুনাৰ পৰা চুপাৰনেটেণ্টক ৪০০ μL বান্ধনি দ্ৰৱ থকা পৃথক ১.৫ মিলিলিটাৰ মাইক্ৰ’চেণ্ট্ৰিফিউজ টিউবলৈ স্থানান্তৰ কৰা হৈছিল। তাৰ পিছত নলীবোৰক ১ ছেকেণ্ডৰ ব্যৱধানত ৫–১০ ছেকেণ্ডৰ বাবে পালছ ভৰটেক্স কৰা হৈছিল। প্ৰতিটো নমুনাৰ সমগ্ৰ তৰল পদাৰ্থ (প্ৰায় ৬০০–৭০০ μL) এটা ফ্ল’-থ্ৰু সংগ্ৰহ নলীত ৰখা ফিল্টাৰ কাৰ্টিজলৈ স্থানান্তৰ কৰক। টিউববোৰক ১০০০ আৰ চি এফত ৩ মিনিটৰ বাবে কেন্দ্ৰচালিত কৰি প্ৰাৰম্ভিক ডি এন এ বান্ধিবলৈ অনুমতি দিয়া হৈছিল আৰু তাৰ পিছত ১২,০০০ আৰ চি এফত ১ মিনিটৰ বাবে কেন্দ্ৰচালিত কৰি অৱশিষ্ট তৰল পদাৰ্থ আঁতৰোৱা হৈছিল। নমুনা স্তম্ভটো নতুন সংগ্ৰহ নলীলৈ স্থানান্তৰ কৰা হৈছিল আৰু তাৰ পিছত দুবাৰকৈ ধুই পেলোৱা হৈছিল। প্ৰথম ধোৱাৰ বাবে প্ৰতিটো নলীত ৫০০ μL ধোৱাৰ বাফাৰ যোগ কৰিব লাগে। টিউবটো ৩–৫ বাৰ ওলোটা কৰক আৰু তাৰ পিছত ১২,০০০ RCF ত ১ মিনিটৰ বাবে কেন্দ্ৰচালিত কৰক। সংগ্ৰহ নলীৰ পৰা তৰল পদাৰ্থ পেলাই দিয়ক আৰু ফিল্টাৰ কাৰ্টিজটো পুনৰ একেটা সংগ্ৰহ নলীতে ৰাখক। দ্বিতীয়বাৰ ধোৱাৰ বাবে ফিল্টাৰত ৫০০ μL ৱাছ বাফাৰ ওলোটা নকৰাকৈ যোগ কৰিব লাগে। নমুনাবোৰ ১২,০০০ আৰ চি এফত ১ মিনিটৰ বাবে কেন্দ্ৰচালিত কৰা হৈছিল। ফিল্টাৰটো ১.৫ মিলিলিটাৰ LoBind® টিউবলৈ স্থানান্তৰিত কৰক আৰু ১০০ μL পূৰ্ব-গৰম কৰা নিউক্লিয়েজ-মুক্ত পানী যোগ কৰক। ফিল্টাৰসমূহক কোঠাৰ উষ্ণতাত ১ মিনিট ইনকিউবেট কৰা হৈছিল আৰু তাৰ পিছত ১২,০০০ আৰচিএফত ১ মিনিটৰ বাবে কেন্দ্ৰচালিত কৰা হৈছিল। এলুট কৰা ডি এন এ -৮০ ডিগ্ৰী চেলছিয়াছত সংৰক্ষণ কৰা হৈছিল।
ডি এন এৰ ঘনত্ব QubitTM 4.0 ফ্ল’ৰ’মিটাৰ ব্যৱহাৰ কৰি পৰিমাণীকৰণ কৰা হৈছিল। প্ৰস্তুতকাৰকৰ নিৰ্দেশনা অনুসৰি QubitTM 1X dsDNA High Sensitivity Kit (Cat. No. Q33231) ব্যৱহাৰ কৰি DNA প্ৰস্তুত কৰা হৈছিল। ডি এন এ খণ্ডৰ দৈৰ্ঘ্য বিতৰণ এগলিয়েণ্টTM ৪১৫০ বা ৪২০০ টেপষ্টেচন ব্যৱহাৰ কৰি জুখিছিল। ডি এন এ প্ৰস্তুত কৰা হৈছিল এজিলেণ্ট টি এম জিনমিক ডি এন এ ৰিএজেণ্ট (কেট. নং ৫০৬৭-৫৩৬৬) আৰু জিনমিক ডি এন এ স্ক্ৰীণটেপ (কেট. নং ৫০৬৭-৫৩৬৫) ব্যৱহাৰ কৰি। প্ৰস্তুতকাৰকৰ নিৰ্দেশনা অনুসৰি অক্সফৰ্ড নেন’প’ৰ টেকন’লজিছTM (ONT) ৰেপিড পিচিআৰ বাৰকোডিং কিট (SQK-RPB004) ব্যৱহাৰ কৰি লাইব্ৰেৰী প্ৰস্তুত কৰা হৈছিল। ডি এন এ ক্ৰমবিন্যাস কৰা হৈছিল এটা Min106D ফ্ল’ চেল (R 9.4.1)ৰ সৈতে ONT GridIONTM Mk1 ছিকুৱেন্সাৰ ব্যৱহাৰ কৰি। ক্ৰমবিন্যাস ছেটিংছ আছিল: উচ্চ সঠিকতা বেচ কলিং, নূন্যতম q মান 9, বাৰক'ড ছেটআপ, আৰু বাৰক'ড ট্ৰিম। নমুনাসমূহ ৭২ ঘণ্টা ধৰি ক্ৰমবিন্যাস কৰা হৈছিল, তাৰ পিছত বেচ কলৰ তথ্য অধিক প্ৰক্ৰিয়াকৰণ আৰু বিশ্লেষণৰ বাবে দাখিল কৰা হৈছিল।
পূৰ্বে বৰ্ণনা কৰা পদ্ধতি ব্যৱহাৰ কৰি জৈৱ তথ্যবিজ্ঞান প্ৰক্ৰিয়াকৰণ কৰা হৈছিল (Greenman et al., 2024)। ক্ৰমবিন্যাসৰ পৰা পোৱা FASTQ ফাইলসমূহক প্ৰতিটো নমুনাৰ বাবে ডাইৰেকটৰীসমূহত বিভক্ত কৰা হৈছিল। জৈৱ তথ্যবিজ্ঞান বিশ্লেষণৰ পূৰ্বে তথ্যসমূহ তলত দিয়া পাইপলাইন ব্যৱহাৰ কৰি প্ৰক্ৰিয়াকৰণ কৰা হৈছিল: প্ৰথমে নমুনাসমূহৰ FASTQ ফাইলসমূহ এটা FASTQ ফাইলত একত্ৰিত কৰা হৈছিল। তাৰ পিছত, 1000 bp তকৈ চুটি পঢ়াসমূহ Filtlong v. 0.2.1 ব্যৱহাৰ কৰি ফিল্টাৰ কৰা হৈছিল, একমাত্ৰ প্ৰাচল সলনি কৰা হৈছিল –min_length 1000 (Wick, 2024)। অধিক ফিল্টাৰ কৰাৰ আগতে, পঢ়াৰ মান নিম্নলিখিত প্ৰাচলসমূহৰ সৈতে NanoPlot v. 1.41.3 ব্যৱহাৰ কৰি নিয়ন্ত্ৰণ কৰা হৈছিল: –fastq –plots dot –N50 -o(ডি কষ্টাৰ আৰু ৰেডমেকাৰছ, ২০২৩)। ৰিডসমূহক মাউছ ৰেফাৰেন্স জিনম GRCm39 (GCF_000001635.27) ৰ সৈতে প্ৰান্তিককৰণ কৰা হৈছিল minimap2 v. 2.24-r1122 ব্যৱহাৰ কৰি নিম্নলিখিত প্ৰাচলসমূহৰ সৈতে গৃহস্থ-দূষিত পঢ়াসমূহ আঁতৰাবলৈ: -L -ax map-ont(লী, ২০১৮)। সৃষ্টি কৰা প্ৰান্তিককৰণ নথিপত্ৰসমূহক samtools v. 1.16.1 ত samtools view -b (Danecek et al., 2021) ব্যৱহাৰ কৰি BAM বিন্যাসলৈ ৰূপান্তৰ কৰা হৈছিল। তাৰ পিছত samtools view -b -f 4 ব্যৱহাৰ কৰি আনলাইন কৰা ৰিডসমূহ চিনাক্ত কৰা হৈছিল, ইয়াৰ পৰা বুজা যায় যে এই ৰিডসমূহ গৃহস্থৰ জিনমৰ অন্তৰ্গত নাছিল। অপ্ৰান্তিককৃত পঢ়াসমূহক অবিকল্পিত প্ৰাচলসমূহৰ সৈতে samtools bam2fq ব্যৱহাৰ কৰি FASTQ বিন্যাসলৈ ঘূৰাই দিয়া হৈছিল। পূৰ্বে বৰ্ণনা কৰা ছেটিংছ ব্যৱহাৰ কৰি অধিক ফিল্টাৰ কৰা পঢ়াসমূহত নেনোপ্লট পুনৰ চলোৱা হৈছিল। ফিল্টাৰিঙৰ পিছত মেটাফ্লাই বনাম ২.৮.২-b১৬৮৯ ব্যৱহাৰ কৰি মেটাজিনমিক তথ্যসমূহ তলত দিয়া প্ৰাচলসমূহৰ সৈতে একত্ৰিত কৰা হৈছিল: –নেনো-কেঁচা–মেটা (কলমোগ’ৰভ আৰু অন্যান্য, ২০২০)। বাকী প্ৰাচলসমূহ সিহতৰ অবিকল্পিত মানত ৰাখক। সমাবেশৰ পিছত, ফিল্টাৰ কৰা পঢ়াসমূহক minimap2 ব্যৱহাৰ কৰি সমাবেশলৈ মেপ কৰা হৈছিল, আৰু -ax map-ont প্ৰাচল SAM বিন্যাসত এটা প্ৰান্তিককৰণ নথিপত্ৰ সৃষ্টি কৰিবলে ব্যৱহাৰ কৰা হৈছিল। 1.4.20 ব্যৱহাৰ কৰি প্ৰথমে তলত দিয়া প্ৰাচলসমূহৰ সৈতে সমাবেশটো পৰিশোধন কৰা হৈছিল: -m 8 -x -6 -g -8 -w 500 -u ( Vaser et al., 2017 ). racon সম্পূৰ্ণ হোৱাৰ পিছত, ইয়াক medaka v. 1.7.2 ৰ সৈতে অধিক পৰিশোধন কৰা হৈছিল, medaka_consesus ব্যৱহাৰ কৰি, -m প্ৰাচলৰ বাহিৰে সকলো প্ৰাচল সিহতৰ অবিকল্পিত মানত এৰি থৈ। আমাৰ তথ্যৰ বাবে ব্যৱহৃত প্ৰবাহ কোষ ৰসায়ন আৰু উচ্চ-সঠিকতা ভিত্তি কলিং ধাৰ্য্য কৰিবলৈ -m প্ৰাচল r941_min_hac_g507 লে সংহতি কৰা হৈছে (nanoporetech/medaka, 2024)। ফিল্টাৰ কৰা তথ্য (ইয়াৰ পিছত মাইক্ৰ’বায়’লজিকেল তথ্য বুলি কোৱা হ’ব) আৰু চূড়ান্ত পৰিষ্কাৰ কৰা সমাবেশটো পৰৱৰ্তী বিশ্লেষণৰ বাবে ব্যৱহাৰ কৰা হৈছিল।
শ্ৰেণীবিভাজনৰ বাবে, পঢ়া আৰু একত্ৰিত কনটিগসমূহ Kraken2 v. 2.1.2 ( Wood et al., 2019 ) ব্যৱহাৰ কৰি শ্ৰেণীভুক্ত কৰা হৈছিল। পঢ়া আৰু সমাবেশৰ বাবে প্ৰতিবেদন আৰু আউটপুট নথিপত্ৰ সৃষ্টি কৰক, ক্ৰমে। পঢ়া আৰু সমাবেশ বিশ্লেষণ কৰিবলে –use-names বিকল্প ব্যৱহাৰ কৰক। –gzip-compressed আৰু –paired বিকল্পসমূহ পঢ়া খণ্ডসমূহৰ বাবে ধাৰ্য্য কৰা হৈছে। ব্ৰেকেন বনাম ২.৮ ( Lu et al., 2017 ) ব্যৱহাৰ কৰি মেটাজিনমত ট্যাক্সাৰ আপেক্ষিক প্ৰাচুৰ্য্য অনুমান কৰা হৈছিল। আমি প্ৰথমে bracken-build ব্যৱহাৰ কৰি নিম্নলিখিত প্ৰাচলসমূহৰ সৈতে 1000 বেচ থকা এটা kmer ডাটাবেছ সৃষ্টি কৰিলোঁ: -d-k 35 -l 1000 এবাৰ নিৰ্মাণ কৰা হ'লে, bracken এ kraken2 দ্বাৰা সৃষ্টি কৰা প্ৰতিবেদনৰ ওপৰত ভিত্তি কৰি চলায় আৰু নিম্নলিখিত বিকল্পসমূহ ব্যৱহাৰ কৰি তথ্য ফিল্টাৰ কৰে: -d -I -O-প ১০০০ -ল

ইয়াৰ ভিতৰত বিশ্লেষণ কৰা শ্ৰেণীবিভাজনৰ স্তৰৰ ওপৰত নিৰ্ভৰ কৰি P, G বা S বাছনি কৰা হয়। ভুৱা ধনাত্মক শ্ৰেণীবিভাজনৰ প্ৰভাৱ কম কৰিবলৈ নূন্যতম আপেক্ষিক প্ৰাচুৰ্য্যৰ সীমা ১e-৪ (১/১০,০০০ পঢ়া) গ্ৰহণ কৰা হৈছিল। পৰিসংখ্যা বিশ্লেষণৰ পূৰ্বে ব্ৰেকেনে ৰিপৰ্ট কৰা আপেক্ষিক প্ৰাচুৰ্য্য (fraction_total_reads) কেন্দ্ৰীভূত লগ-অনুপাত (CLR) ৰূপান্তৰ ব্যৱহাৰ কৰি ৰূপান্তৰ কৰা হৈছিল (Aitchison, 1982)। তথ্য ৰূপান্তৰৰ বাবে চিএলআৰ পদ্ধতি বাছি লোৱা হৈছিল কাৰণ ই স্কেল-অপৰিৱৰ্তিত আৰু অ-বিৰল ডাটাছেটৰ বাবে যথেষ্ট (Gloor et al., 2017)। চি এল আৰ ৰূপান্তৰত প্ৰাকৃতিক লগাৰিদম ব্যৱহাৰ কৰা হয়। ব্ৰেকেনে ৰিপৰ্ট কৰা গণনাৰ তথ্যসমূহ আপেক্ষিক লগ এক্সপ্ৰেচন (RLE) ব্যৱহাৰ কৰি স্বাভাৱিক কৰা হৈছিল (Anders and Huber, 2010)। matplotlib v. 3.7.1, seaborn v. 3.7.2 আৰু ক্ৰমিক লগাৰিদমৰ সংমিশ্ৰণ ব্যৱহাৰ কৰি চিত্ৰসমূহ সৃষ্টি কৰা হৈছিল (Gloor et al., 2017)। ০.১২.২ আৰু ষ্টেণ্টানোটেচন বনাম ০.৫.০ (হাণ্টাৰ, ২০০৭; ৱাস্কম, ২০২১; চাৰ্লিৰ আৰু অন্যান্য, ২০২২)। স্বাভাৱিক বেক্টেৰিয়াৰ সংখ্যা ব্যৱহাৰ কৰি প্ৰতিটো নমুনাৰ বাবে বেচিলাছ/বেক্টেৰ’ইডেটছৰ অনুপাত গণনা কৰা হৈছিল। টেবুলসমূহত প্ৰতিবেদন কৰা মানসমূহক ৪টা দশমিক স্থানলৈ ঘূৰণীয়া কৰা হয়। Simpson বৈচিত্ৰ্য সূচকাংক KrakenTools v. 1.2 পেকেজত প্ৰদান কৰা alpha_diversity.py স্ক্ৰিপ্ট ব্যৱহাৰ কৰি গণনা কৰা হৈছিল (Lu et al., 2022)। ব্ৰেকেন প্ৰতিবেদন লিপিত প্ৰদান কৰা হৈছে আৰু -an প্ৰাচলৰ বাবে চিম্পছন সূচী “Si” প্ৰদান কৰা হৈছে। প্ৰাচুৰ্য্যৰ উল্লেখযোগ্য পাৰ্থক্যক গড় CLR পাৰ্থক্য ≥ 1 বা ≤ -1 হিচাপে সংজ্ঞায়িত কৰা হৈছিল। ±1 ৰ গড় CLR পাৰ্থক্যই এটা নমুনাৰ প্ৰকাৰৰ প্ৰাচুৰ্য্য ২.৭গুণ বৃদ্ধি হোৱাৰ ইংগিত দিয়ে। চিহ্নটোৱে (+/-) সূচায় যে ক্ৰমে পিপিএ নমুনা আৰু নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাত এই বৰ্গটো অধিক প্ৰচুৰ পৰিমাণে আছে নে নাই। মান-হুইটনী ইউ পৰীক্ষা ব্যৱহাৰ কৰি তাৎপৰ্য্য নিৰ্ণয় কৰা হৈছিল (Virtanen et al., 2020)। Statsmodels v. 0.14 (Benjamini and Hochberg, 1995; Seabold and Perktold, 2010) ব্যৱহাৰ কৰা হৈছিল, আৰু একাধিক পৰীক্ষাৰ বাবে শুধৰণি কৰিবলৈ Benjamini-Hochberg পদ্ধতি প্ৰয়োগ কৰা হৈছিল। পৰিসংখ্যাগত তাৎপৰ্য্য নিৰ্ণয়ৰ বাবে থ্ৰেছহোল্ড হিচাপে এটা সমন্বিত p-মান ≤ 0.05 ব্যৱহাৰ কৰা হৈছিল।
জিন টীকাকৰণ আৰু আপেক্ষিক প্ৰাচুৰ্য্য অনুমান Maranga et al.-এ বৰ্ণনা কৰা প্ৰট'কলৰ এটা পৰিৱৰ্তিত সংস্কৰণ ব্যৱহাৰ কৰি সম্পন্ন কৰা হৈছিল। (মাৰংগা আৰু অন্যান্য, ২০২৩)। প্ৰথমে, SeqKit v. 2.5.1 (Shen et al., 2016) ব্যৱহাৰ কৰি সকলো সমাবেশৰ পৰা 500 bp তকৈ চুটি contigs আঁতৰোৱা হৈছিল। তাৰ পিছত নিৰ্বাচিত সমাবেশসমূহক একত্ৰিত কৰি এটা পেন-মেটাজিনম তৈয়াৰ কৰা হৈছিল। মুক্ত পঢ়া ফ্ৰেমসমূহ (ORFs) নিম্নলিখিত প্ৰাচলসমূহৰ সৈতে Prodigal v. 1.0.1 (Prodigal v. 2.6.3 ৰ এটা সমান্তৰাল সংস্কৰণ) ব্যৱহাৰ কৰি চিনাক্ত কৰা হৈছিল: -d-f gff-i -O-T 24 -p meta -C 10000 (হায়েট আৰু অন্যান্য, ২০১২; জেনিকে, ২০২৪)। তাৰ পিছত পাইথন ব্যৱহাৰ কৰি পোৱা নিউক্লিঅ’টাইড ফাইলসমূহ ফিল্টাৰ কৰি সকলো অসম্পূৰ্ণ জিন আঁতৰোৱা হৈছিল। তাৰ পিছত CD-HIT v. 4.8.1 ব্যৱহাৰ কৰি নিম্নলিখিত প্ৰাচলসমূহৰ সৈতে জিনসমূহ ক্লাষ্টাৰ কৰা হৈছিল: cd-hit-est -i -O-c ০.৯৫ -s ০.৮৫ -aS ০.৯ -n ১০ -d ২৫৬ -M ৩৫০০০ -T ২৪ -l ১০০ -g ১ (ফু আৰু অন্যান্য, ২০১২)। জিনৰ প্ৰাচুৰ্য্য আৰু টীকাকৰণ অনুমান কৰিবলৈ সৃষ্টি কৰা নন-ৰিডাণ্ডেণ্ট জিন কেটেলগ ব্যৱহাৰ কৰা হৈছিল। আপেক্ষিক জিনৰ প্ৰাচুৰ্য্য KMA v. 1.4.9 ব্যৱহাৰ কৰি অনুমান কৰা হৈছিল (Clausen et al., 2018)। প্ৰথমে, নিম্নলিখিত প্ৰাচলসমূহৰ সৈতে KMA সূচী ব্যৱহাৰ কৰি এটা সূচী নথিপত্ৰ সৃষ্টি কৰক: -i -Oতাৰ পিছত, বায়'ইনফৰ্মেটিক্স পাইপলাইন অংশত বৰ্ণনা কৰা ধৰণে প্ৰতিটো নমুনাৰ বাবে মাইক্ৰ'বিয়াল ৰিডৰ সৈতে সৃষ্টি কৰা সূচকাংক ব্যৱহাৰ কৰি, কেএমএ তলত দিয়া প্ৰাচলসমূহৰ সৈতে চলোৱা হৈছিল: -i -O-t_db-bcNano -bc 0.7 -ef -t 24. তাৰ পিছত, জিন গণনা CLR ব্যৱহাৰ কৰি স্বাভাৱিক কৰা হৈছিল, আৰু Sci-kit শিক্ষণৰ প্ৰধান উপাদান বিশ্লেষণ (PCA) শ্ৰেণী ব্যৱহাৰ কৰা হৈছিল (Pedregosa et al., 2011)। 2.1.12 আৰু eggNOG ডাটাবেছ সংস্কৰণ 5.0.2 ৰ emapper.py স্ক্ৰিপ্ট ব্যৱহাৰ কৰি নন-ৰিডাণ্ডেণ্ট জিন কেটেলগত ভৱিষ্যদ্বাণী কৰা জিন টীকাকৰণ নিম্নলিখিত প্ৰাচলসমূহৰ সৈতে সম্পন্ন কৰা হৈছিল: –type CDS –cpu 24 -i– ডাটা কেটেলগ–go_evidence অ-ইলেক্ট্ৰনিক – আউটপুট– আউটপুট ডাইৰেকটৰী–target_orthologs all –seed_ortholog_value 0.001 –seed_ortholog_score 60 –প্ৰশ্ন_কভাৰ 20 –বিষয়_কভাৰ 0 –অনুবাদ কৰক –অভাৰৰাইড –temp_dir(কেন্টালাপিড্ৰা আৰু অন্যান্য, ২০২১)। পৰ্যাপ্ত টেমপ্লেট কভাৰেজ আৰু টেমপ্লেট পৰিচয় (≥ ৯০%) আৰু প্ৰাচুৰ্য্য (গভীৰতা ≥ ৩) থকা জিন নিৰ্বাচন কৰিবলৈ কেএমএৰ ফলাফল পৰীক্ষা কৰা হৈছিল। ওপৰত বৰ্ণনা কৰা ধৰণে চিএলআৰ ব্যৱহাৰ কৰি কেএমএৰ গভীৰতাৰ ফলাফল ৰূপান্তৰ কৰা হৈছিল। তাৰ পিছত প্ৰতিটো জিনৰ বাবে কনটিগ উৎস ব্যৱহাৰ কৰি কাৰ্য্যকৰী টীকা আৰু শ্ৰেণীবিভাজনৰ ফলাফলৰ পৰা কনটিগ আইডিৰ সৈতে কেএমএৰ ফলাফল তুলনা কৰা হৈছিল। ট্যাক্সাসমূহৰ দৰেই জিনৰ প্ৰাচুৰ্য্যৰ উল্লেখযোগ্য পাৰ্থক্যক গড় চিএলআৰ পাৰ্থক্য ≥ ১ বা ≤ -১ থকা জিন হিচাপে সংজ্ঞায়িত কৰা হৈছিল, য'ত এটা চিন (+/-) দেখা গৈছিল যে ক্ৰমে পিপিএ বা নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাত জিনটো অধিক প্ৰচুৰ আছিল।
জিনসমূহক প্ৰথমে জিন পথৰ প্ৰাচুৰ্য্য তুলনা কৰিবলৈ eggNOG দ্বাৰা নিযুক্ত কিয়’ট’ এনচাইক্ল’পিডিয়া অৱ জিনছ এণ্ড জিনমছ (KEGG) অৰ্থলগ (KO) চিনাক্তকৰ্তা অনুসৰি গোট কৰা হৈছিল। বিশ্লেষণৰ পূৰ্বে নকআউট নথকা জিন বা একাধিক নকআউট থকা জিন আঁতৰাই পেলোৱা হৈছিল। তাৰ পিছত প্ৰতিটো নমুনাৰ প্ৰতিটো কে অ’ৰ গড় প্ৰাচুৰ্য্য গণনা কৰা হৈছিল আৰু পৰিসংখ্যা বিশ্লেষণ কৰা হৈছিল। পিপিএ বিপাকীয় জিনসমূহক যিকোনো জিন হিচাপে সংজ্ঞায়িত কৰা হৈছিল যিটোক KEGG_Pathway স্তম্ভত ko00640 শাৰীত নিযুক্ত কৰা হৈছিল, যিয়ে KEGG অনুসৰি প্ৰপিঅ’নেট বিপাকীয় ক্ৰিয়াত ভূমিকা থকাৰ ইংগিত দিয়ে। পিপিএ উৎপাদনৰ সৈতে জড়িত বুলি চিনাক্ত কৰা জিনসমূহ পৰিপূৰক সূচী ১ ত তালিকাভুক্ত কৰা হৈছে (Reichardt et al., 2014; Yang et al., 2017)। প্ৰতিটো নমুনাৰ প্ৰকাৰত যথেষ্ট বেছি প্ৰচুৰ পৰিমাণে থকা পিপিএ বিপাকীয় ক্ৰিয়া আৰু উৎপাদন জিন চিনাক্ত কৰিবলৈ পাৰ্মিউটেচন পৰীক্ষা কৰা হৈছিল। বিশ্লেষণ কৰা প্ৰতিটো জিনৰ বাবে হাজাৰটা ক্ৰমবিন্যাস কৰা হৈছিল। পৰিসংখ্যাগত তাৎপৰ্য্য নিৰ্ণয় কৰিবলৈ কাটঅফ হিচাপে ০.০৫ p-মান ব্যৱহাৰ কৰা হৈছিল। ক্লাষ্টাৰৰ ভিতৰৰ প্ৰতিনিধিত্বমূলক জিনৰ টীকাসমূহৰ ওপৰত ভিত্তি কৰি এটা ক্লাষ্টাৰৰ ভিতৰৰ ব্যক্তিগত জিনসমূহক কাৰ্য্যকৰী টীকা নিযুক্ত কৰা হৈছিল। PPA বিপাকীয় ক্ৰিয়া আৰু/বা PPA উৎপাদনৰ সৈতে জড়িত ট্যাক্সাসমূহ eggNOG ব্যৱহাৰ কৰি কাৰ্য্যকৰী টীকাকৰণৰ সময়ত ৰখা একে contig ID সমূহৰ সৈতে Kraken2 আউটপুট ফাইলসমূহত contig IDs মিলাই চিনাক্ত কৰিব পাৰি। পূৰ্বে বৰ্ণনা কৰা মান-হুইটনী ইউ পৰীক্ষা ব্যৱহাৰ কৰি তাৎপৰ্য্য পৰীক্ষা কৰা হৈছিল। একাধিক পৰীক্ষাৰ বাবে সংশোধন বেঞ্জামিন-হচবাৰ্গ পদ্ধতি ব্যৱহাৰ কৰি কৰা হৈছিল। পৰিসংখ্যাগত তাৎপৰ্য্য নিৰ্ণয় কৰিবলৈ ≤ 0.05 ৰ p-মান কাটঅফ হিচাপে ব্যৱহাৰ কৰা হৈছিল।
চিম্পছন বৈচিত্ৰ্য সূচকাংক ব্যৱহাৰ কৰি এন্দুৰৰ আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’মৰ বৈচিত্ৰ্যৰ মূল্যায়ন কৰা হৈছিল। নিয়ন্ত্ৰণ আৰু পিপিএ নমুনাৰ মাজত প্ৰজাতি আৰু প্ৰজাতিৰ বৈচিত্ৰ্যৰ ক্ষেত্ৰত কোনো বিশেষ পাৰ্থক্য দেখা নগ'ল (গোত্ৰৰ বাবে p-মান: ০.১৮, প্ৰজাতিৰ বাবে p-মান: ০.১৬) (চিত্ৰ ১)। তাৰ পিছত প্ৰধান উপাদান বিশ্লেষণ (PCA) ব্যৱহাৰ কৰি মাইক্ৰ’বায়’লজিকেল গঠন তুলনা কৰা হৈছিল। চিত্ৰ ২ত নমুনাৰ ফাইলা অনুসৰি গোট খোৱা দেখুওৱা হৈছে, ইয়াৰ পৰা বুজা যায় যে পিপিএ আৰু নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাৰ মাজত মাইক্ৰ’বায়’মৰ প্ৰজাতিৰ গঠনত পাৰ্থক্য আছিল। এই ক্লাষ্টাৰিং জিন স্তৰত কম উচ্চাৰিত আছিল, ইয়াৰ পৰা অনুমান কৰিব পাৰি যে পিপিএই কিছুমান বেক্টেৰিয়াক প্ৰভাৱিত কৰে (পৰিপূৰক চিত্ৰ. ১)।
চিত্ৰ ১. মাউছৰ আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ'বায়'মৰ বংশ আৰু প্ৰজাতিৰ গঠনৰ আলফা বৈচিত্ৰ্য। পিপিএ আৰু নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাত গোত্ৰ (A) আৰু প্ৰজাতি (B)ৰ চিম্পছন বৈচিত্ৰ্য সূচকাংক দেখুওৱা বক্স প্লট। মান-হুইটনী ইউ পৰীক্ষা ব্যৱহাৰ কৰি তাৎপৰ্য্য নিৰ্ণয় কৰা হৈছিল, আৰু বেঞ্জামিন-হচবাৰ্গ পদ্ধতি ব্যৱহাৰ কৰি একাধিক সংশোধন কৰা হৈছিল। ns, p-মান গুৰুত্বপূৰ্ণ নাছিল (p>0.05)।
চিত্ৰ ২. প্ৰজাতি পৰ্যায়ত মাউছৰ আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ'বায়'মৰ গঠনৰ প্ৰধান উপাদান বিশ্লেষণৰ ফলাফল। প্ৰধান উপাদান বিশ্লেষণ প্লটে নমুনাৰ বিতৰণ তেওঁলোকৰ প্ৰথম দুটা প্ৰধান উপাদানৰ মাজেৰে প্ৰদৰ্শন কৰে। ৰঙে নমুনাৰ প্ৰকাৰ সূচায়: পিপিএ-উন্মুক্ত এন্দুৰ বেঙুনীয়া আৰু নিয়ন্ত্ৰণ এন্দুৰ হালধীয়া। প্ৰধান উপাদান 1 আৰু 2 ক্ৰমে x-অক্ষ আৰু y-অক্ষত প্লট কৰা হয় আৰু ইহঁতৰ ব্যাখ্যা কৰা ভ্যাৰিয়েন্স অনুপাত হিচাপে প্ৰকাশ কৰা হয়।
আৰ এল ই ৰূপান্তৰিত গণনা তথ্য ব্যৱহাৰ কৰি নিয়ন্ত্ৰণ আৰু পিপিএ এন্দুৰত মধ্যম বেক্টেৰ’ইডেটছ/বেচিলি অনুপাত যথেষ্ট হ্ৰাস পোৱা গৈছিল (নিয়ন্ত্ৰণ: ৯.৬৬, পিপিএ: ৩.০২; পি-মান = ০.০০১১)। এই পাৰ্থক্যৰ কাৰণ আছিল নিয়ন্ত্ৰণৰ তুলনাত পিপিএ এন্দুৰত বেক্টেৰ’ইডেটৰ প্ৰাচুৰ্য্য বেছি, যদিও পাৰ্থক্যটো গুৰুত্বপূৰ্ণ নাছিল (নিয়ন্ত্ৰণ গড় চিএলআৰ: ৫.৫১, পিপিএ গড় চিএলআৰ: ৬.৬২; পি-মান = ০.০৫৪), আনহাতে বেক্টেৰ’ইডেটছৰ প্ৰাচুৰ্য্য একে আছিল (নিয়ন্ত্ৰণ গড় চিএলআৰ: ৭.৭৬, পিপিএ গড় চিএলআৰ: ৭.৬০; পি-মান = ০.১৮)।
আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ'বায়'মৰ শ্ৰেণীবিভাজন সদস্যৰ প্ৰাচুৰ্য্য বিশ্লেষণ কৰিলে দেখা গ'ল যে পিপিএ আৰু নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাৰ মাজত ১টা বংশ আৰু ৭৭টা প্ৰজাতিৰ যথেষ্ট পাৰ্থক্য আছে (পৰিপূৰক সূচী ২)। পিপিএৰ নমুনাত ৫৯টা প্ৰজাতিৰ প্ৰাচুৰ্য্য নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাতকৈ যথেষ্ট বেছি আছিল, আনহাতে নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাত মাত্ৰ ১৬টা প্ৰজাতিৰ প্ৰাচুৰ্য্য পিপিএৰ নমুনাতকৈ বেছি আছিল (চিত্ৰ ৩)।
চিত্ৰ ৩. পিপিএ আৰু নিয়ন্ত্ৰণ এন্দুৰৰ আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’মত ট্যাক্সাৰ পাৰ্থক্যমূলক প্ৰাচুৰ্য্য। আগ্নেয়গিৰিৰ প্লটত পিপিএ আৰু নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাৰ মাজত বংশ (A) বা প্ৰজাতি (B)ৰ প্ৰাচুৰ্য্যৰ পাৰ্থক্য প্ৰদৰ্শন কৰা হয়। ধূসৰ বিন্দুবোৰে ট্যাক্সা প্ৰাচুৰ্য্যৰ কোনো বিশেষ পাৰ্থক্য সূচায়। ৰঙীন বিন্দুবোৰে প্ৰাচুৰ্য্যৰ যথেষ্ট পাৰ্থক্য সূচায় (p-মান ≤ 0.05)। নমুনাৰ প্ৰকাৰৰ মাজত প্ৰাচুৰ্য্যৰ সৰ্বাধিক পাৰ্থক্য থকা শীৰ্ষ ২০টা ট্যাক্সা ক্ৰমে ৰঙা আৰু পাতল নীলা (নিয়ন্ত্ৰণ আৰু পিপিএ নমুনা) ৰঙেৰে দেখুওৱা হৈছে। নিয়ন্ত্ৰণ বা পিপিএ নমুনাত নিয়ন্ত্ৰণৰ তুলনাত হালধীয়া আৰু বেঙুনীয়া ৰঙৰ বিন্দু কমেও ২.৭ গুণ বেছি আছিল। ক'লা বিন্দুবোৰে যথেষ্ট ভিন্ন প্ৰাচুৰ্য্যৰ ট্যাক্সাক প্ৰতিনিধিত্ব কৰে, গড় CLR পাৰ্থক্য -1 আৰু 1 ৰ মাজত। P মানসমূহ মান-হুইটনী U পৰীক্ষা ব্যৱহাৰ কৰি গণনা কৰা হৈছিল আৰু বেঞ্জামিন-হচবাৰ্গ পদ্ধতি ব্যৱহাৰ কৰি একাধিক পৰীক্ষাৰ বাবে সংশোধন কৰা হৈছিল। বল্ড গড় চিএলআৰৰ পাৰ্থক্যই প্ৰাচুৰ্য্যৰ গুৰুত্বপূৰ্ণ পাৰ্থক্য সূচায়।
আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’লজিকেল গঠন বিশ্লেষণ কৰাৰ পিছত আমি মাইক্ৰ’বায়’মৰ এটা কাৰ্য্যকৰী টীকাকৰণ কৰিলোঁ। নিম্নমানৰ জিন ফিল্টাৰ কৰি উলিওৱাৰ পিছত সকলো নমুনাতে মুঠ ৩৭৮,৩৫৫টা অনন্য জিন চিনাক্ত কৰা হৈছিল। এই জিনসমূহৰ ৰূপান্তৰিত প্ৰাচুৰ্য্যক প্ৰধান উপাদান বিশ্লেষণ (PCA)ৰ বাবে ব্যৱহাৰ কৰা হৈছিল, আৰু ফলাফলসমূহে ইহঁতৰ কাৰ্য্যকৰী প্ৰফাইলৰ ওপৰত ভিত্তি কৰি নমুনাৰ প্ৰকাৰৰ উচ্চ মাত্ৰাৰ ক্লাষ্টাৰিং দেখুৱাইছিল (চিত্ৰ ৪)।
চিত্ৰ ৪. মাউছৰ আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’মৰ কাৰ্য্যকৰী প্ৰফাইল ব্যৱহাৰ কৰি পিচিএৰ ফলাফল। পিচিএ প্লটে নমুনাৰ বিতৰণ তেওঁলোকৰ প্ৰথম দুটা প্ৰধান উপাদানৰ মাজেৰে প্ৰদৰ্শন কৰে। ৰঙে নমুনাৰ প্ৰকাৰ সূচায়: পিপিএ-উন্মুক্ত এন্দুৰ বেঙুনীয়া আৰু নিয়ন্ত্ৰণ এন্দুৰ হালধীয়া। প্ৰধান উপাদান 1 আৰু 2 ক্ৰমে x-অক্ষ আৰু y-অক্ষত প্লট কৰা হয় আৰু ইহঁতৰ ব্যাখ্যা কৰা ভ্যাৰিয়েন্স অনুপাত হিচাপে প্ৰকাশ কৰা হয়।
ইয়াৰ পিছত আমি বিভিন্ন নমুনা প্ৰকাৰত কেইজিজি নকআউটৰ প্ৰাচুৰ্য্য পৰীক্ষা কৰিলোঁ। মুঠ ৩৬৪৮টা অনন্য নকআউট চিনাক্ত কৰা হৈছিল, ইয়াৰে ১৯৬টা নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাত যথেষ্ট বেছি আৰু ১০৬টা পিপিএ নমুনাত অধিক প্ৰচুৰ আছিল (চিত্ৰ ৫)। নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাত মুঠ ১৪৫টা জিন আৰু পিপিএৰ নমুনাত ৬১টা জিন ধৰা পৰিছিল, যাৰ প্ৰাচুৰ্য্য যথেষ্ট বেলেগ। লিপিড আৰু এমিনোচুগাৰ বিপাকীয় ক্ৰিয়াৰ সৈতে জড়িত পথসমূহ পিপিএ নমুনাত যথেষ্ট বেছি সমৃদ্ধ আছিল (পৰিপূৰক সূচী ৩)। নাইট্ৰজেন বিপাকীয় ক্ৰিয়া আৰু চালফাৰ ৰিলে ব্যৱস্থাৰ সৈতে জড়িত পথসমূহ নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাত যথেষ্ট বেছি সমৃদ্ধ আছিল (পৰিপূৰক সূচী ৩)। পিপিএৰ নমুনাত এমিনোচুগাৰ/নিউক্লিঅ’টাইড বিপাকীয় ক্ৰিয়া (ko:K21279) আৰু ইনোচিটল ফছফেট বিপাকীয় ক্ৰিয়া (ko:K07291)ৰ সৈতে জড়িত জিনৰ প্ৰাচুৰ্য্য যথেষ্ট বেছি আছিল (চিত্ৰ ৫)। নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাত বেনজ'ৱেট বিপাকীয় ক্ৰিয়া (ko:K22270), নাইট্ৰজেন বিপাকীয় ক্ৰিয়া (ko:K00368), আৰু গ্লাইকোলাইছিছ/গ্লুক'নিঅ'জেনেছিছ (ko:K00131)ৰ সৈতে জড়িত জিন যথেষ্ট বেছি আছিল (চিত্ৰ ৫)।
5. পিপিএ আৰু নিয়ন্ত্ৰণ এন্দুৰৰ আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ'বায়'মত KOs ৰ পাৰ্থক্যমূলক প্ৰাচুৰ্য্য। আগ্নেয়গিৰিৰ প্লটত কাৰ্য্যকৰী গোট (KO)ৰ প্ৰাচুৰ্য্যৰ পাৰ্থক্য দেখুওৱা হৈছে। ধূসৰ বিন্দুবোৰে এনে KO বুজায় যাৰ প্ৰাচুৰ্য্য নমুনাৰ প্ৰকাৰৰ মাজত বিশেষ পাৰ্থক্য নাছিল (p-value > 0.05)। ৰঙীন বিন্দুবোৰে প্ৰাচুৰ্য্যৰ যথেষ্ট পাৰ্থক্য সূচায় (p-মান ≤ 0.05)। নমুনাৰ প্ৰকাৰৰ মাজত প্ৰাচুৰ্য্যৰ সৰ্বাধিক পাৰ্থক্য থকা ২০টা কে অ’ক ক্ৰমে নিয়ন্ত্ৰণ আৰু পিপিএ নমুনাৰ সৈতে মিল থকা ৰঙা আৰু পাতল নীলা ৰঙেৰে দেখুওৱা হৈছে। হালধীয়া আৰু বেঙুনীয়া ৰঙৰ বিন্দুবোৰে নিয়ন্ত্ৰণ আৰু পিপিএৰ নমুনাত ক্ৰমে কমেও ২.৭গুণ বেছি প্ৰচুৰ পৰিমাণে থকা কেঅ’ক সূচায়। ক'লা বিন্দুবোৰে যথেষ্ট ভিন্ন প্ৰাচুৰ্য্যৰ সৈতে KO সূচায়, গড় CLR পাৰ্থক্য -1 আৰু 1 ৰ মাজত। P মানসমূহ মান-হুইটনী U পৰীক্ষা ব্যৱহাৰ কৰি গণনা কৰা হৈছিল আৰু বেঞ্জামিন-হচবাৰ্গ পদ্ধতি ব্যৱহাৰ কৰি একাধিক তুলনাৰ বাবে সামঞ্জস্য কৰা হৈছিল। NaN য়ে ইংগিত দিয়ে যে KO KEGG ৰ কোনো পথৰ অন্তৰ্গত নহয়। বল্ড গড় চিএলআৰ পাৰ্থক্য মানসমূহে প্ৰাচুৰ্য্যৰ গুৰুত্বপূৰ্ণ পাৰ্থক্য সূচায়। তালিকাভুক্ত KO সমূহ কোনবোৰ পথৰ অন্তৰ্গত তাৰ বিষয়ে বিতং তথ্যৰ বাবে, পৰিপূৰক সূচী 3 চাওক।
টীকাকৃত জিনসমূহৰ ভিতৰত ১৬০১টা জিনৰ নমুনাৰ প্ৰকাৰৰ মাজত যথেষ্ট বেলেগ প্ৰচুৰতা আছিল (p ≤ ০.০৫), প্ৰতিটো জিনৰ প্ৰাচুৰ্য্য কমেও ২.৭গুণ বেছি আছিল। এই জিনসমূহৰ ভিতৰত নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাত ৪টা জিন অধিক আৰু পিপিএ নমুনাত ১৫৯৭টা জিন অধিক প্ৰচুৰ আছিল। যিহেতু পিপিএৰ এন্টিমাইক্ৰ’বিয়াল গুণ আছে, সেয়েহে আমি নমুনাৰ প্ৰকাৰৰ মাজত পিপিএ বিপাকীয় ক্ৰিয়া আৰু উৎপাদন জিনৰ প্ৰাচুৰ্য্য পৰীক্ষা কৰিলোঁ। ১৩৩২টা পিপিএ বিপাকীয় ক্ৰিয়া সম্পৰ্কীয় জিনৰ ভিতৰত নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাত ২৭টা জিন যথেষ্ট বেছি আৰু পিপিএৰ নমুনাত ১২টা জিন অধিক প্ৰচুৰ আছিল। ২২৩টা পিপিএ উৎপাদন সম্পৰ্কীয় জিনৰ ভিতৰত পিপিএৰ নমুনাত ১টা জিন যথেষ্ট বেছি আছিল। চিত্ৰ ৬A ত আৰু দেখুওৱা হৈছে যে পিপিএ বিপাকীয় ক্ৰিয়াৰ লগত জড়িত জিনৰ অধিক প্ৰাচুৰ্য্য, নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাত যথেষ্ট বেছি প্ৰাচুৰ্য্য আৰু বৃহৎ প্ৰভাৱৰ আকাৰ, আনহাতে চিত্ৰ ৬B ত পিপিএ নমুনাত পৰ্যবেক্ষণ কৰা যথেষ্ট বেছি প্ৰাচুৰ্য্য থকা ব্যক্তিগত জিনসমূহৰ ওপৰত আলোকপাত কৰা হৈছে।
৬) মাউছৰ আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’মত পিপিএ-সম্পৰ্কীয় জিনৰ পাৰ্থক্যমূলক প্ৰাচুৰ্য্য। আগ্নেয়গিৰিৰ প্লটত পিপিএ বিপাকীয় ক্ৰিয়া (A) আৰু পিপিএ উৎপাদন (B)ৰ সৈতে জড়িত জিনৰ প্ৰাচুৰ্য্যৰ পাৰ্থক্য দেখুওৱা হৈছে। ধূসৰ বিন্দুবোৰে এনে জিনক সূচায় যাৰ প্ৰাচুৰ্য্য নমুনাৰ প্ৰকাৰৰ মাজত বিশেষ পাৰ্থক্য নাছিল (p-value > 0.05)। ৰঙীন বিন্দুবোৰে প্ৰাচুৰ্য্যৰ যথেষ্ট পাৰ্থক্য সূচায় (p-মান ≤ 0.05)। প্ৰাচুৰ্য্যৰ ক্ষেত্ৰত সৰ্বাধিক পাৰ্থক্য থকা ২০টা জিনক ক্ৰমে ৰঙা আৰু পাতল নীলা ৰঙেৰে দেখুওৱা হৈছে (নিয়ন্ত্ৰণ আৰু পিপিএৰ নমুনা)। নিয়ন্ত্ৰণ আৰু পিপিএ নমুনাত হালধীয়া আৰু বেঙুনীয়া বিন্দুৰ প্ৰাচুৰ্য্য নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাতকৈ কমেও ২.৭ গুণ বেছি আছিল। ক'লা বিন্দুবোৰে যথেষ্ট ভিন্ন প্ৰাচুৰ্য্যৰ জিনক প্ৰতিনিধিত্ব কৰে, গড় CLR পাৰ্থক্য -1 আৰু 1 ৰ মাজত। P মানসমূহ মান-হুইটনী U পৰীক্ষা ব্যৱহাৰ কৰি গণনা কৰা হৈছিল আৰু বেঞ্জামিন-হচবাৰ্গ পদ্ধতি ব্যৱহাৰ কৰি একাধিক তুলনাৰ বাবে সংশোধন কৰা হৈছিল। জিনসমূহ অ-অৱশ্যক জিন কেটেলগত থকা প্ৰতিনিধিত্বমূলক জিনৰ সৈতে মিল খায়। জিনৰ নামবোৰ KEGG চিহ্নৰে গঠিত যিয়ে এটা KO জিন বুজায়। বল্ড গড় চিএলআৰৰ পাৰ্থক্যই যথেষ্ট বেলেগ প্ৰাচুৰ্য্যৰ ইংগিত দিয়ে। এটা ডেছে (-) বুজায় যে KEGG ডাটাবেছত জিনটোৰ বাবে কোনো চিহ্ন নাই।
পিপিএ বিপাকীয় ক্ৰিয়া আৰু/বা উৎপাদনৰ সৈতে জড়িত জিন থকা ট্যাক্সাসমূহ জিনৰ কনটিগ আইডিৰ সৈতে কনটিগসমূহৰ শ্ৰেণীবিভাজন পৰিচয় মিলাই চিনাক্ত কৰা হৈছিল। জিন পৰ্যায়ত ১৩০টা বংশত পিপিএ বিপাকীয় ক্ৰিয়াৰ সৈতে জড়িত জিন আৰু ৬১টা বংশৰ পিপিএ উৎপাদনৰ সৈতে জড়িত জিন পোৱা গৈছিল (পৰিপূৰক সূচী ৪)। কিন্তু কোনো বংশই প্ৰাচুৰ্য্যৰ ক্ষেত্ৰত বিশেষ পাৰ্থক্য দেখুৱাব পৰা নাছিল (p > 0.05)।
প্ৰজাতিৰ পৰ্যায়ত ১৪৪টা বেক্টেৰিয়াৰ প্ৰজাতিৰ পিপিএ বিপাকীয় ক্ৰিয়াৰ সৈতে জড়িত জিন আৰু ৬৮টা বেক্টেৰিয়াৰ প্ৰজাতিৰ পিপিএ উৎপাদনৰ সৈতে জড়িত জিন পোৱা গৈছিল (পৰিপূৰক সূচী ৫)। পিপিএ বিপাকীয় কাৰকৰ ভিতৰত আঠটা বেক্টেৰিয়াই নমুনাৰ প্ৰকাৰৰ মাজত প্ৰাচুৰ্য্য যথেষ্ট বৃদ্ধি দেখুৱাইছিল, আৰু সকলোৱেই প্ৰভাৱৰ যথেষ্ট পৰিৱৰ্তন দেখুৱাইছিল (পৰিপূৰক সূচী ৬)। প্ৰাচুৰ্য্যৰ যথেষ্ট পাৰ্থক্য থকা সকলো চিনাক্তকৃত পিপিএ বিপাকীয় কাৰক পিপিএৰ নমুনাত অধিক প্ৰচুৰ আছিল। প্ৰজাতি-স্তৰৰ শ্ৰেণীবিভাজনে নমুনাৰ প্ৰকাৰৰ মাজত বিশেষ পাৰ্থক্য নথকা গোত্ৰৰ প্ৰতিনিধি উন্মোচন কৰে, য'ত কেইবাটাও বেক্টেৰ'ইডছ আৰু ৰুমিনোককাছ প্ৰজাতিৰ লগতে ডানকেনিয়া ডুব'ইছ, মাইক্সোবেক্টেৰিয়াম এণ্টেৰিকা, মনোক'কাছ পেক্টিনোলাইটিকাছ আৰু এলকেলিজেনেছ পলিমৰ্ফাও অন্তৰ্ভুক্ত। পিপিএ উৎপাদনকাৰী বেক্টেৰিয়াৰ ভিতৰত চাৰিটা বেক্টেৰিয়াই নমুনাৰ প্ৰকাৰৰ মাজত প্ৰাচুৰ্য্যৰ ক্ষেত্ৰত যথেষ্ট পাৰ্থক্য দেখুৱাইছিল। প্ৰাচুৰ্য্যৰ ক্ষেত্ৰত যথেষ্ট পাৰ্থক্য থকা প্ৰজাতিসমূহৰ ভিতৰত আছিল বেক্টেৰ'ইডছ ন'ভ'ৰ'চি, ডানকেনিয়া ডুব'ইছ, মাইক্সোবেক্টেৰিয়াম এণ্টেৰিটিডিছ আৰু ৰুমিনোককাছ বভিছ।
এই অধ্যয়নত আমি এন্দুৰৰ আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’টাৰ ওপৰত পিপিএৰ সংস্পৰ্শৰ প্ৰভাৱ পৰীক্ষা কৰিলোঁ। পিপিএই বেক্টেৰিয়াত বিভিন্ন প্ৰতিক্ৰিয়াৰ সৃষ্টি কৰিব পাৰে কাৰণ ইয়াক কিছুমান প্ৰজাতিৰ দ্বাৰা উৎপন্ন কৰা হয়, আন প্ৰজাতিৰ দ্বাৰা খাদ্যৰ উৎস হিচাপে ব্যৱহাৰ কৰা হয় বা ইয়াৰ এন্টিমাইক্ৰ’বিয়াল প্ৰভাৱ থাকে। গতিকে খাদ্য পৰিপূৰক হিচাপে ইয়াক আন্ত্ৰিক পৰিৱেশত যোগ কৰিলে সহনশীলতা, সংবেদনশীলতা আৰু ইয়াক পুষ্টিকৰ উৎস হিচাপে ব্যৱহাৰ কৰাৰ ক্ষমতাৰ ওপৰত নিৰ্ভৰ কৰি বিভিন্ন প্ৰভাৱ পৰিব পাৰে। সংবেদনশীল বেক্টেৰিয়াৰ প্ৰজাতিসমূহ আঁতৰাই তাৰ ঠাইত পিপিএৰ প্ৰতি অধিক প্ৰতিৰোধী বা ইয়াক খাদ্যৰ উৎস হিচাপে ব্যৱহাৰ কৰিব পৰা বেক্টেৰিয়া প্ৰজাতিসমূহ ল’ব পাৰি, যাৰ ফলত আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’টাৰ গঠনত পৰিৱৰ্তন হ’ব পাৰে। আমাৰ ফলাফলত অণুজীৱৰ গঠনত যথেষ্ট পাৰ্থক্য দেখা গৈছিল যদিও সামগ্ৰিক অণুজীৱৰ বৈচিত্ৰ্যৰ ওপৰত কোনো প্ৰভাৱ পৰা নাছিল। প্ৰজাতিৰ পৰ্যায়ত আটাইতকৈ বেছি প্ৰভাৱ দেখা গৈছিল, পিপিএ আৰু নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাৰ মাজত প্ৰাচুৰ্য্যৰ ক্ষেত্ৰত ৭০টাতকৈও অধিক ট্যাক্সা যথেষ্ট পৃথক (পৰিপূৰক সূচী ২)। পিপিএ-উন্মুক্ত নমুনাৰ গঠনৰ অধিক মূল্যায়নে উন্মুক্ত নমুনাৰ তুলনাত অণুজীৱ প্ৰজাতিৰ অধিক বৈষম্য প্ৰকাশ কৰে, ইয়াৰ পৰা অনুমান কৰিব পাৰি যে পিপিএই বেক্টেৰিয়াৰ বৃদ্ধিৰ বৈশিষ্ট্য বৃদ্ধি কৰিব পাৰে আৰু পিপিএ সমৃদ্ধ পৰিৱেশত জীয়াই থাকিব পৰা বেক্টেৰিয়াৰ জনসংখ্যা সীমিত কৰিব পাৰে। এইদৰে পিপিএই আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’টাৰ বৈচিত্ৰ্যৰ ব্যাপক বিঘিনি ঘটোৱাৰ পৰিৱৰ্তে নিৰ্বাচিতভাৱে পৰিৱৰ্তন প্ৰৰোচিত কৰিব পাৰে।
পিপিএৰ দৰে খাদ্য সংৰক্ষকে সামগ্ৰিক বৈচিত্ৰ্যক প্ৰভাৱিত নকৰাকৈ আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’মৰ উপাদানৰ প্ৰাচুৰ্য্য সলনি কৰা দেখা গৈছে (নাগপাল আৰু অন্যান্য, ২০২১)। ইয়াত আমি বেক্টেৰ’ইডেটছ প্ৰজাতিৰ মাজত আটাইতকৈ আকৰ্ষণীয় পাৰ্থক্য পৰ্যবেক্ষণ কৰিলোঁ (পূৰ্বতে বেক্টেৰ’ইডেটছ নামেৰে জনাজাত), যিবোৰ পিপিএ-উন্মুক্ত এন্দুৰত যথেষ্ট সমৃদ্ধ আছিল। বেক্টেৰ’ইডছ প্ৰজাতিৰ প্ৰাচুৰ্য্য বৃদ্ধি পোৱাটো শ্লেষ্মাৰ অৱক্ষয় বৃদ্ধিৰ সৈতে জড়িত, যিয়ে সংক্ৰমণৰ সম্ভাৱনা বৃদ্ধি কৰিব পাৰে আৰু প্ৰদাহৰ সৃষ্টি কৰিব পাৰে (Cornick et al., 2015; Desai et al., 2016; Penzol et al., 2019)। এটা অধ্যয়নত দেখা গৈছে যে বেক্টেৰ’ইডছ ফ্ৰেজিলিছৰ দ্বাৰা চিকিৎসা কৰা নৱজাত মতা এন্দুৰে অটিজিম স্পেকট্ৰম ডিছঅৰ্ডাৰ (ASD)ৰ কথা মনত পেলোৱা সামাজিক আচৰণ প্ৰদৰ্শন কৰে (Carmel et al., 2023), আৰু আন আন অধ্যয়নত দেখা গৈছে যে বেক্টেৰ’ইডছ প্ৰজাতিয়ে প্ৰতিৰোধ ক্ষমতাৰ কাৰ্য্যকলাপ সলনি কৰি অটোইম্যুন প্ৰদাহজনিত কাৰ্ডিঅ’মাইঅ’পেথীৰ সৃষ্টি কৰিব পাৰে (Gil-Cruz et al., 2019)। PPA ৰ সংস্পৰ্শলৈ অহা এন্দুৰত Ruminococcus, Prevotella, আৰু Parabacteroides গোত্ৰৰ অন্তৰ্গত প্ৰজাতিসমূহো যথেষ্ট বৃদ্ধি পাইছিল (Coretti et al., 2018)। কিছুমান ৰুমিনোককাছ প্ৰজাতিৰ প্ৰ’ইনফ্লেমেটৰী চাইট’কাইন উৎপাদনৰ জৰিয়তে ক্ৰ’ন’ছ ৰোগৰ দৰে ৰোগৰ সৈতে জড়িত (Henke et al., 2019), আনহাতে প্ৰিভ’টেলা হিউমেনিৰ দৰে প্ৰিভ’টেলা প্ৰজাতিৰ উচ্চ ৰক্তচাপ আৰু ইনচুলিন সংবেদনশীলতাৰ দৰে বিপাকীয় ৰোগৰ সৈতে জড়িত (Pedersen et al., 2016; Li et al., 2017)। শেষত আমি দেখিলোঁ যে বেক্টেৰ’ইডেটছ প্ৰজাতিৰ মুঠ প্ৰাচুৰ্য্য বেছি হোৱাৰ বাবে পিপিএৰ সংস্পৰ্শলৈ অহা এন্দুৰত বেক্টেৰ’ইডেটছৰ (পূৰ্বতে ফাৰ্মিকিউটছ নামেৰে জনাজাত) আৰু বেক্টেৰ’ইডেটছৰ অনুপাত যথেষ্ট কম। এই অনুপাতটো পূৰ্বে অন্ত্ৰৰ হোমিঅ’ষ্টেছিছৰ এটা গুৰুত্বপূৰ্ণ সূচক বুলি দেখুওৱা হৈছে, আৰু এই অনুপাতৰ বিঘিনি বিভিন্ন ৰোগৰ অৱস্থাৰ সৈতে জড়িত (Turpin et al., 2016; Takezawa et al., 2021; An et al., 2023), প্ৰদাহজনিত অন্ত্ৰৰ ৰোগকে ধৰি (Stojanov et al., 2020)। সামূহিকভাৱে বেক্টেৰ’ইডেটছ বংশৰ প্ৰজাতিসমূহ উচ্চ খাদ্যৰ পিপিএৰ দ্বাৰা আটাইতকৈ বেছি প্ৰভাৱিত হোৱা যেন লাগে। ইয়াৰ কাৰণ হ'ব পাৰে পিপিএৰ প্ৰতি অধিক সহনশীলতা বা শক্তিৰ উৎস হিচাপে পিপিএ ব্যৱহাৰ কৰাৰ ক্ষমতা, যিটো অন্ততঃ এটা প্ৰজাতি, Hoylesella enocea (Hitch et al., 2022)ৰ বাবে সত্য বুলি প্ৰমাণিত হৈছে। নতুবা, মাতৃৰ পিপিএৰ সংস্পৰ্শই এন্দুৰৰ সন্তানৰ আন্ত্ৰিক অংশক বেক্টেৰ'ইডেটছৰ উপনিবেশিকৰণৰ প্ৰতি অধিক সংবেদনশীল কৰি ভ্ৰুণৰ বিকাশ বৃদ্ধি কৰিব পাৰে; কিন্তু আমাৰ অধ্যয়নৰ ডিজাইনে এনে মূল্যায়নৰ অনুমতি নিদিলে।
মেটাজিনমিক কন্টেন্ট মূল্যায়নে পিপিএ বিপাকীয় ক্ৰিয়া আৰু উৎপাদনৰ সৈতে জড়িত জিনৰ প্ৰাচুৰ্য্যত যথেষ্ট পাৰ্থক্য প্ৰকাশ কৰে, পিপিএ-উন্মুক্ত এন্দুৰে পিপিএ উৎপাদনৰ বাবে দায়বদ্ধ জিনৰ অধিক প্ৰাচুৰ্য্য প্ৰদৰ্শন কৰে, আনহাতে পিপিএ-উন্মুক্ত এন্দুৰে পিএএ বিপাকীয় ক্ৰিয়াৰ বাবে দায়বদ্ধ জিনৰ অধিক প্ৰাচুৰ্য্য প্ৰদৰ্শন কৰে (চিত্ৰ ৬)। এই ফলাফলসমূহে প্ৰকাশ কৰে যে মাইক্ৰ’বায়’লজিকেল গঠনৰ ওপৰত পিপিএৰ প্ৰভাৱ কেৱল ইয়াৰ ব্যৱহাৰৰ বাবেই নহ’বও পাৰে, অন্যথা পিপিএ বিপাকীয় ক্ৰিয়াৰ সৈতে জড়িত জিনৰ প্ৰাচুৰ্য্যই পিপিএৰ সংস্পৰ্শলৈ অহা এন্দুৰৰ আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’মত অধিক প্ৰাচুৰ্য্য দেখুৱাব লাগিছিল। এটা ব্যাখ্যা হ’ল পিপিএই বেক্টেৰিয়াৰ প্ৰাচুৰ্য্যৰ মধ্যস্থতা প্ৰধানকৈ ইয়াৰ এন্টিমাইক্ৰ’বিয়াল প্ৰভাৱৰ জৰিয়তে কৰে, বেক্টেৰিয়াই ইয়াক পুষ্টিকৰ হিচাপে ব্যৱহাৰৰ দ্বাৰা নহয়। পূৰ্বৰ গৱেষণাৰ পৰা দেখা গৈছে যে পিপিএই মাত্ৰা নিৰ্ভৰশীলভাৱে ছালমোনেলা টাইফিমুৰিয়ামৰ বৃদ্ধিত বাধা দিয়ে (Jacobson et al., 2018)। অধিক ঘনত্বৰ পিপিএৰ সংস্পৰ্শলৈ আহিলে ইয়াৰ এন্টিমাইক্ৰ’বিয়াল গুণৰ প্ৰতিৰোধী বেক্টেৰিয়া বাছনি কৰিব পাৰে আৰু ইয়াক বিপাকীয় ক্ৰিয়া বা উৎপাদন কৰিব নোৱাৰিবও পাৰে। উদাহৰণস্বৰূপে, কেইবাটাও পেৰাবেক্টেৰ'ইড প্ৰজাতিয়ে পিপিএৰ নমুনাত যথেষ্ট বেছি প্ৰাচুৰ্য্য দেখুৱাইছিল, কিন্তু পিপিএ বিপাকীয় ক্ৰিয়া বা উৎপাদনৰ সৈতে জড়িত কোনো জিন ধৰা পৰা নাছিল (পৰিপূৰক সূচী ২, ৪ আৰু ৫)। তদুপৰি, কিম্বন উপজাত হিচাপে পিপিএ উৎপাদন বিভিন্ন বেক্টেৰিয়াৰ মাজত ব্যাপকভাৱে বিতৰণ কৰা হয় (Gonzalez-Garcia et al., 2017)। নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাত পিপিএ বিপাকীয় ক্ৰিয়াৰ সৈতে জড়িত জিনৰ অধিক প্ৰাচুৰ্য্যৰ কাৰণ হ’ব পাৰে বেক্টেৰিয়াৰ বৈচিত্ৰ্য অধিক (Averina et al., 2020)। তদুপৰি ১৩৩২টা জিনৰ ভিতৰত মাত্ৰ ২৭টা (২.১৪%) জিন কেৱল পিপিএ বিপাকীয় ক্ৰিয়াৰ সৈতে জড়িত জিন বুলি ভৱিষ্যদ্বাণী কৰা হৈছিল। পিপিএ বিপাকীয় ক্ৰিয়াৰ সৈতে জড়িত বহুতো জিন অন্যান্য বিপাকীয় পথৰ সৈতেও জড়িত। ইয়াৰ দ্বাৰা আৰু প্ৰমাণিত হয় যে নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাত পিপিএ বিপাকীয় ক্ৰিয়াৰ লগত জড়িত জিনৰ প্ৰাচুৰ্য্য বেছি আছিল; এই জিনবোৰে এনে পথত কাম কৰিব পাৰে যাৰ ফলত পিপিএ ব্যৱহাৰ বা উপজাত হিচাপে গঠন নহয়। এই ক্ষেত্ৰত পিপিএ উৎপাদনৰ সৈতে জড়িত মাত্ৰ এটা জিনে নমুনাৰ প্ৰকাৰৰ মাজত প্ৰাচুৰ্য্যৰ যথেষ্ট পাৰ্থক্য দেখুৱাইছিল। পিপিএ বিপাকীয় ক্ৰিয়াৰ সৈতে জড়িত জিনৰ বিপৰীতে পিপিএ উৎপাদনৰ বাবে মাৰ্কাৰ জিন নিৰ্বাচন কৰা হৈছিল কাৰণ ই পিপিএ উৎপাদনৰ বাবে বেক্টেৰিয়াৰ পথৰ সৈতে প্ৰত্যক্ষভাৱে জড়িত। পিপিএৰ সংস্পৰ্শলৈ অহা এন্দুৰত সকলো প্ৰজাতিৰ প্ৰাচুৰ্য্য আৰু পিপিএ উৎপাদন কৰাৰ ক্ষমতা যথেষ্ট বৃদ্ধি পোৱা দেখা গৈছিল। ইয়াৰ দ্বাৰা এই ভৱিষ্যদ্বাণী সমৰ্থন কৰা হয় যে পিপিএই পিপিএ উৎপাদকক নিৰ্বাচন কৰিব আৰু সেয়েহে পিপিএ উৎপাদন ক্ষমতা বৃদ্ধি পাব বুলি ভৱিষ্যদ্বাণী কৰিব। কিন্তু জিনৰ প্ৰাচুৰ্য্য জিন প্ৰকাশৰ সৈতে সম্পৰ্কিত হোৱাটো বাধ্যতামূলক নহয়; এইদৰে, যদিও নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাত পিপিএ বিপাকীয় ক্ৰিয়াৰ সৈতে জড়িত জিনৰ প্ৰাচুৰ্য্য বেছি, প্ৰকাশৰ হাৰ বেলেগ হ'ব পাৰে (Shi et al., 2014)। পিপিএ উৎপাদনকাৰী জিনৰ প্ৰাদুৰ্ভাৱ আৰু পিপিএ উৎপাদনৰ মাজৰ সম্পৰ্ক নিশ্চিত কৰিবলৈ পিপিএ উৎপাদনৰ লগত জড়িত জিনৰ প্ৰকাশৰ অধ্যয়নৰ প্ৰয়োজন।
পিপিএ আৰু নিয়ন্ত্ৰণ মেটাজিনমৰ কাৰ্য্যকৰী টীকাকৰণে কিছু পাৰ্থক্য উন্মোচন কৰে। জিনৰ পৰিমাণৰ পিচিএ বিশ্লেষণে পিপিএ আৰু নিয়ন্ত্ৰণ নমুনাৰ মাজত বিচ্ছিন্ন থুপ প্ৰকাশ কৰে (চিত্ৰ ৫)। নমুনাৰ ভিতৰত ক্লাষ্টাৰিঙে প্ৰকাশ কৰে যে নিয়ন্ত্ৰণ জিনৰ পৰিমাণ অধিক বৈচিত্ৰময়, আনহাতে পিপিএ নমুনা একেলগে ক্লাষ্টাৰ হৈছিল। জিনৰ পৰিমাণ অনুসৰি ক্লাষ্টাৰ কৰাটো প্ৰজাতিৰ গঠন অনুসৰি ক্লাষ্টাৰ কৰাৰ সৈতে তুলনাযোগ্য আছিল। এইদৰে পথৰ প্ৰাচুৰ্য্যৰ পাৰ্থক্য ইয়াৰ ভিতৰৰ নিৰ্দিষ্ট প্ৰজাতি আৰু প্ৰজাতিৰ প্ৰাচুৰ্য্যৰ পৰিৱৰ্তনৰ সৈতে সামঞ্জস্যপূৰ্ণ। পিপিএৰ নমুনাত যথেষ্ট বেছি প্ৰাচুৰ্য্য থকা দুটা পথ এমিনোচেনি/নিউক্লিঅ'টাইড চেনিৰ বিপাকীয় ক্ৰিয়া (ko:K21279) আৰু একাধিক লিপিড বিপাকীয় ক্ৰিয়া (ko:K00647, ko:K03801; পৰিপূৰক সূচী ৩)ৰ সৈতে জড়িত আছিল। ko:K21279 ৰ সৈতে জড়িত জিনসমূহ PPA নমুনাত যথেষ্ট বেছি সংখ্যক প্ৰজাতি থকা গোত্ৰসমূহৰ ভিতৰত এটা Bacteroides প্ৰজাতিৰ সৈতে জড়িত বুলি জনা যায়। এই এনজাইমে কেপচুলাৰ পলিচেকাৰাইড প্ৰকাশ কৰি ৰোগ প্ৰতিৰোধ ক্ষমতাৰ প্ৰতিক্ৰিয়া এৰাই চলিব পাৰে (Wang et al., 2008)। ইয়াৰ ফলত পিপিএৰ সংস্পৰ্শলৈ অহা এন্দুৰত দেখা পোৱা বেক্টেৰ’ইডেটছৰ বৃদ্ধি হ’ব পাৰে। ই পিপিএ মাইক্ৰ’বায়’মত পৰ্যবেক্ষণ কৰা বৃদ্ধি পোৱা ফেটি এচিড সংশ্লেষণৰ পৰিপূৰক। বেক্টেৰিয়াই FASIIko:K00647 (fabB) পথ ব্যৱহাৰ কৰি ফেটি এচিড উৎপন্ন কৰে, যিয়ে গৃহস্থৰ বিপাকীয় পথক প্ৰভাৱিত কৰিব পাৰে (Yao and Rock, 2015; Johnson et al., 2020), আৰু লিপিড বিপাকীয় ক্ৰিয়াৰ পৰিৱৰ্তনে স্নায়ুৰ বিকাশত ভূমিকা ল'ব পাৰে (Yu et al., 2020)। পিপিএৰ নমুনাত প্ৰাচুৰ্য্য বৃদ্ধি পোৱা আন এটা পথ আছিল ষ্টেৰইড হৰম’ন জৈৱসংশ্লেষণ (ko:K12343)। আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’টাৰ দ্বাৰা হৰম’নৰ মাত্ৰা প্ৰভাৱিত কৰাৰ ক্ষমতা আৰু হৰম’নৰ দ্বাৰা প্ৰভাৱিত হোৱাৰ ক্ষমতাৰ মাজত বিপৰীত সম্পৰ্ক থকাৰ প্ৰমাণ ক্ৰমাৎ বৃদ্ধি পাইছে, যেনে ষ্টেৰইডৰ মাত্ৰা বৃদ্ধিয়ে তলৰ ফালে স্বাস্থ্যজনিত পৰিণতি হ’ব পাৰে (Tetel et al., 2018)।
এই অধ্যয়নটো সীমাবদ্ধতা আৰু বিবেচনাহীন নহয়। এটা গুৰুত্বপূৰ্ণ পাৰ্থক্য হ’ল আমি জীৱ-জন্তুবোৰৰ শাৰীৰিক মূল্যায়ন কৰা নাছিলো। গতিকে মাইক্ৰ’বায়’মৰ পৰিৱৰ্তন কোনো ৰোগৰ লগত জড়িত নেকি সেই সিদ্ধান্ত পোনপটীয়াকৈ লোৱা সম্ভৱ নহয়। আন এটা বিবেচনাৰ বিষয় হ’ল এই অধ্যয়নত অংশগ্ৰহণ কৰা এন্দুৰবোৰক মাকৰ দৰেই খাদ্য খুৱাইছিল। ভৱিষ্যতৰ অধ্যয়নে নিৰ্ণয় কৰিব পাৰে যে পিপিএ সমৃদ্ধ খাদ্যৰ পৰা পিপিএ মুক্ত খাদ্যলৈ সলনি হ’লে মাইক্ৰ’বায়’মৰ ওপৰত ইয়াৰ প্ৰভাৱ উন্নত হয় নেকি। আমাৰ অধ্যয়নৰ এটা সীমাবদ্ধতা, আন বহুতৰ দৰে, নমুনাৰ আকাৰ সীমিত। যদিও বৈধ সিদ্ধান্ত ল’ব পাৰি, বৃহৎ নমুনাৰ আকাৰে ফলাফল বিশ্লেষণ কৰাৰ সময়ত অধিক পৰিসংখ্যাগত শক্তি প্ৰদান কৰিব। আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’মৰ পৰিৱৰ্তন আৰু যিকোনো ৰোগৰ মাজত থকা সম্পৰ্কৰ বিষয়েও আমি সতৰ্ক (Yap et al., 2021)। বয়স, লিংগ, খাদ্যকে ধৰি বিভ্ৰান্তিকৰ কাৰকে অণুজীৱৰ গঠনত যথেষ্ট প্ৰভাৱ পেলাব পাৰে। এই কাৰকসমূহে জটিল ৰোগৰ সৈতে আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’মৰ সম্পৰ্ক সম্পৰ্কে সাহিত্যত পৰ্যবেক্ষণ কৰা অসামঞ্জস্যৰ ব্যাখ্যা দিব পাৰে (জনছন আৰু অন্যান্য, ২০১৯; লাগোড আৰু নাজাৰ, ২০২৩)। উদাহৰণস্বৰূপে, ASD ৰোগী প্ৰাণী আৰু মানুহৰ ক্ষেত্ৰত Bacteroidetes প্ৰজাতিৰ সদস্য বৃদ্ধি বা হ্ৰাস হোৱা দেখা গৈছে (Angelis et al., 2013; Kushak et al., 2017)। একেদৰে প্ৰদাহজনিত অন্ত্ৰৰ ৰোগ থকা ৰোগীৰ আন্ত্ৰিক গঠনৰ ওপৰত কৰা অধ্যয়নত একেটা ট্যাক্সাত বৃদ্ধি আৰু হ্ৰাস দুয়োটা দেখা গৈছে (Walters et al., 2014; Forbes et al., 2018; Upadhyay et al., 2023)। লিংগ পক্ষপাতিত্বৰ প্ৰভাৱ সীমিত কৰিবলৈ আমি লিংগসমূহৰ সমান প্ৰতিনিধিত্ব নিশ্চিত কৰিবলৈ চেষ্টা কৰিলোঁ যাতে পাৰ্থক্যসমূহ খাদ্যৰ দ্বাৰা পৰিচালিত হোৱাৰ সম্ভাৱনা বেছি। কাৰ্য্যকৰী টীকাকৰণৰ এটা প্ৰত্যাহ্বান হৈছে অতিৰিক্ত জিন ক্ৰম আঁতৰোৱা। আমাৰ জিন ক্লাষ্টাৰিং পদ্ধতিত ৯৫% ক্ৰম পৰিচয় আৰু ৮৫% দৈৰ্ঘ্যৰ সাদৃশ্যৰ প্ৰয়োজন হয়, লগতে ভুৱা ক্লাষ্টাৰিং আঁতৰাবলৈ ৯০% প্ৰান্তিককৰণ কভাৰেজৰ প্ৰয়োজন। কিন্তু কিছুমান ক্ষেত্ৰত আমি একেটা টীকাযুক্ত COG পৰ্যবেক্ষণ কৰিলোঁ (যেনে, MUT) (চিত্ৰ ৬)। এই অৰ্থলগসমূহ সুকীয়া নেকি, নিৰ্দিষ্ট বংশৰ সৈতে জড়িত নেকি বা এইটো জিন ক্লাষ্টাৰিং পদ্ধতিৰ সীমাবদ্ধতা নেকি সেইটো নিৰ্ণয় কৰিবলৈ অধিক অধ্যয়নৰ প্ৰয়োজন। কাৰ্য্যকৰী টীকাকৰণৰ আন এটা সীমাবদ্ধতা হ'ল সম্ভাৱ্য ভুল শ্ৰেণীবিভাজন; বেক্টেৰিয়াৰ জিন mmdA হৈছে প্ৰপিঅ'নেট সংশ্লেষণৰ লগত জড়িত এটা জনাজাত এনজাইম, কিন্তু KEGG-এ ইয়াক প্ৰপিঅ'নেট বিপাকীয় পথৰ সৈতে জড়িত নকৰে। ইয়াৰ বিপৰীতে scpB আৰু mmcD অৰ্থলগসমূহ সম্পৰ্কিত। নিৰ্দিষ্ট নকআউট নথকা বৃহৎ সংখ্যক জিনৰ ফলত জিনৰ প্ৰাচুৰ্য্য মূল্যায়ন কৰাৰ সময়ত পিপিএ-সম্পৰ্কীয় জিন চিনাক্ত কৰিব নোৱাৰা হ’ব পাৰে। ভৱিষ্যতৰ অধ্যয়নসমূহে মেটাট্ৰান্সক্ৰিপ্টম বিশ্লেষণৰ দ্বাৰা লাভৱান হ’ব, যিয়ে আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’টাৰ কাৰ্য্যকৰী বৈশিষ্ট্যৰ বিষয়ে গভীৰ বুজাবুজি প্ৰদান কৰিব পাৰে আৰু জিন প্ৰকাশক সম্ভাৱ্য তলৰ প্ৰভাৱৰ সৈতে সংযোগ কৰিব পাৰে। নিৰ্দিষ্ট স্নায়ুবিকাশৰ বিকাৰ বা প্ৰদাহজনিত অন্ত্ৰৰ ৰোগৰ সৈতে জড়িত অধ্যয়নৰ বাবে মাইক্ৰ’বায়’মৰ গঠনৰ পৰিৱৰ্তনক এই বিকাৰসমূহৰ সৈতে সংযোগ কৰিবলৈ প্ৰাণীৰ শাৰীৰিক আৰু আচৰণগত মূল্যায়নৰ প্ৰয়োজন। বীজাণুমুক্ত এন্দুৰত আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’ম প্ৰতিস্থাপন কৰা অতিৰিক্ত অধ্যয়নেও মাইক্ৰ’বায়’ম ৰোগৰ চালক বা বৈশিষ্ট্য নেকি সেইটো নিৰ্ণয় কৰিবলৈ উপযোগী হ’ব।
সামৰণিত আমি প্ৰমাণ কৰিলোঁ যে খাদ্যৰ পিপিএই আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’টাৰ গঠন সলনি কৰাত কাৰক হিচাপে কাম কৰে। পিপিএ হৈছে বিভিন্ন খাদ্যত বহুলভাৱে পোৱা এফডিএৰ অনুমোদিত সংৰক্ষক যিটো দীৰ্ঘদিন ধৰি সংস্পৰ্শলৈ আহিলে স্বাভাৱিক আন্ত্ৰিক উদ্ভিদৰ বিঘিনি ঘটাব পাৰে। আমি কেইবাটাও বেক্টেৰিয়াৰ প্ৰাচুৰ্য্যৰ পৰিৱৰ্তন দেখিলোঁ, যাৰ পৰা অনুমান কৰিব পাৰি যে পিপিএই আন্ত্ৰিক মাইক্ৰ’বায়’টাৰ গঠনত প্ৰভাৱ পেলাব পাৰে। মাইক্ৰ’বায়’টাৰ পৰিৱৰ্তনে কিছুমান বিপাকীয় পথৰ মাত্ৰাৰ পৰিৱৰ্তন ঘটাব পাৰে, যাৰ ফলত গৃহস্থৰ স্বাস্থ্যৰ লগত প্ৰাসংগিক শাৰীৰিক পৰিৱৰ্তন হ’ব পাৰে। মাইক্ৰ’বায়’লজিকেল গঠনৰ ওপৰত খাদ্যৰ পিপিএৰ প্ৰভাৱে ডিছবায়’ছিছ বা অন্যান্য ৰোগৰ সৃষ্টি কৰিব পাৰে নেকি সেইটো নিৰ্ণয় কৰিবলৈ অধিক অধ্যয়নৰ প্ৰয়োজন। এই অধ্যয়নে আন্ত্ৰিক গঠনৰ ওপৰত পিপিএৰ প্ৰভাৱে মানুহৰ স্বাস্থ্যৰ ওপৰত কেনে প্ৰভাৱ পেলাব পাৰে তাৰ ওপৰত ভৱিষ্যতৰ অধ্যয়নৰ ভেটি স্থাপন কৰে।
এই অধ্যয়নত উপস্থাপন কৰা ডাটাছেটসমূহ অনলাইন ভঁৰালত উপলব্ধ। ভঁৰালৰ নাম আৰু অভিগম নম্বৰ হ'ল: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, PRJNA1092431 ।
এই পশুৰ অধ্যয়ন ইউনিভাৰ্চিটি অৱ চেণ্ট্ৰেল ফ্ল’ৰিডা ইনষ্টিটিউচনেল এনিমেল কেয়াৰ এণ্ড ইউজ কমিটি (UCF-IACUC) (এনিমেল ইউজ পাৰ্মিট নম্বৰ: PROTO202000002)ৰ অনুমোদন লাভ কৰিছে। এই অধ্যয়ন স্থানীয় আইন, নিয়ম, আৰু প্ৰতিষ্ঠানিক প্ৰয়োজনীয়তাসমূহ মানি চলে।
এন জি: ধাৰণা, তথ্য কিউৰেচন, আনুষ্ঠানিক বিশ্লেষণ, অনুসন্ধান, পদ্ধতি, চফট্ ৱেৰ, দৃশ্যায়ন, লিখা (মূল খচৰা), লিখা (পৰ্যালোচনা আৰু সম্পাদনা)। এল এ: ধাৰণা, তথ্য কিউৰেচন, পদ্ধতি, সম্পদ, লিখা (পৰ্যালোচনা আৰু সম্পাদনা)। এছ এইচ: আনুষ্ঠানিক বিশ্লেষণ, চফট্ ৱেৰ, লেখা (পৰ্যালোচনা আৰু সম্পাদনা)। এছ এ: তদন্ত, লেখা (পৰ্যালোচনা আৰু সম্পাদনা)। মুখ্য ন্যায়াধীশ: তদন্ত, লেখা (পৰ্যালোচনা আৰু সম্পাদনা)। এছ এন: ধাৰণা, প্ৰকল্প প্ৰশাসন, সম্পদ, তত্বাৱধান, লেখা (পৰ্যালোচনা আৰু সম্পাদনা)। টি এ: ধাৰণা, প্ৰকল্প প্ৰশাসন, তত্বাৱধান, লেখা (পৰ্যালোচনা আৰু সম্পাদনা)।
লেখকসকলে ঘোষণা কৰিছিল যে এই লেখাটোৰ গৱেষণা, লেখকত্ব আৰু/বা প্ৰকাশৰ বাবে তেওঁলোকে কোনো আৰ্থিক সহায় লাভ কৰা নাই।
লেখকসকলে ঘোষণা কৰিছে যে এই গৱেষণাটো কোনো ধৰণৰ বাণিজ্যিক বা আৰ্থিক সম্পৰ্কৰ অনুপস্থিতিত কৰা হৈছিল যিটোক সম্ভাৱ্য স্বাৰ্থৰ সংঘাত বুলি ধৰিব পাৰি। প্ৰযোজ্য নহয়।
এই লেখাত প্ৰকাশ কৰা সকলো মতামত কেৱল লেখকৰ আৰু ইয়াৰ দ্বাৰা তেওঁলোকৰ প্ৰতিষ্ঠান, প্ৰকাশক, সম্পাদক বা পৰ্যালোচকৰ মতামত প্ৰতিফলিত হোৱাটো বাধ্যতামূলক নহয়। এই প্ৰবন্ধত মূল্যায়ন কৰা যিকোনো সামগ্ৰী, বা ইয়াৰ নিৰ্মাতাসকলে কৰা কোনো দাবী, প্ৰকাশকে নিশ্চিত বা সমৰ্থন কৰা নাই।
এই প্ৰবন্ধটোৰ বাবে পৰিপূৰক সামগ্ৰী অনলাইনত পোৱা যাব: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/frmbi.2024.1451735/full#supplementary-material
আব্দেলি এল এছ, ছামছাম এ, নাছেৰ এছ এ (২০১৯)। প্ৰপিয়নিক এচিডে অটিজিম বৰ্ণালী বিকাৰত পিটিইএন/একেটি পথ নিয়ন্ত্ৰণ কৰি গ্লিঅ’ছিছ আৰু নিউৰ’ইনফ্লেমেচন প্ৰৰোচিত কৰে। বৈজ্ঞানিক প্ৰতিবেদন ৯, ৮৮২৪–৮৮২৪। doi: ১০.১০৩৮/s৪১৫৯৮-০১৯-৪৫৩৪৮-z
আইচিচন, জে.(১৯৮২)। ৰচনামূলক তথ্যৰ পৰিসংখ্যা বিশ্লেষণ। জে আৰ ষ্টেট ছক চেৰ বি মেথডল। ৪৪, ১৩৯–১৬০। ড’ই: ১০.১১১১/জে.২৫১৭-৬১৬১.১৯৮২.টিবি০১১৯৫.এক্স
আহ্ন জে, কোৱান এইচ, কিম ৱাই জে (২০২৩)। স্তন কেন্সাৰৰ বাবে বিপদজনক কাৰক হিচাপে ফাৰ্মিকিউটছ/বেক্টেৰ’ইডেটছ অনুপাত। জাৰ্নেল অৱ ক্লিনিকেল মেডিচিন, ১২, ২২১৬. doi: ১০.৩৩৯০/jcm১২০৬২২১৬
এণ্ডাৰছ এছ, হুবাৰ ডব্লিউ (২০১০)। ক্ৰম গণনাৰ তথ্যৰ ভিন্নতামূলক প্ৰকাশ বিশ্লেষণ। Nat Prev. ১–১, ১–১০। ড’ই: ১০.১০৩৮/এনপ্ৰি.২০১০.৪২৮২.১
এঞ্জেলিছ, এম ডি, পিকোলো, এম, ভানিনি, এল, চিৰাগুছা, এছ, জিয়াকোমো, এ ডি, চেৰাজেনেট্টি, ডি আই, ইত্যাদি। (২০১৩)। অটিজিম আৰু ব্যাপক বিকাশৰ বিকাৰ থকা শিশুৰ মলৰ মাইক্ৰ’বায়’টা আৰু মেটাব’ল’ম অন্যথা নিৰ্দিষ্ট কৰা হোৱা নাই। PloS One 8, e76993। ড’ই: ১০.১৩৭১/জাৰ্নেল.প’ন.০০৭৬৯৯৩
এভেৰিনা অ’ভি, কভটুন এ এছ, পলিয়াকোভা এছ আই, ছাভিলোভা এ এম, ৰেব্ৰিকোভ ডি ভি, ডানিলেংকো ভি এন (২০২০)। অটিজিম বৰ্ণালী বিকাৰগ্ৰস্ত সৰু শিশুৰ অন্ত্ৰৰ মাইক্ৰ’বায়’টাৰ বেক্টেৰিয়াৰ স্নায়ুবিপাকীয় বৈশিষ্ট্য। জাৰ্নেল অৱ মেডিকেল মাইক্ৰ’বায়’লজি ৬৯, ৫৫৮–৫৭১। ড’ই: ১০.১০৯৯/জেএমএম.০.০০১১৭৮
বাকেৰো এফ, নম্বেলা কে (২০১২)। মানুহৰ অংগ হিচাপে মাইক্ৰ’বায়’ম। ক্লিনিকেল মাইক্ৰ’বায়’লজি এণ্ড ইনফেকচন ১৮, ২–৪। ড’ই: ১০.১১১১/জে.১৪৬৯-০৬৯১.২০১২.০৩৯১৬.এক্স
বাউৰ টি., ডুৰে পি.(২০২৩)। প্ৰপিয়নিক এচিড উৎপাদনকাৰী বেক্টেৰিয়াৰ শৰীৰবিজ্ঞানৰ নতুন অন্তৰ্দৃষ্টি: এনাৰোটিনাম প্ৰপিঅ'নিকাম আৰু এনাৰোটিগনাম নিওপ্ৰ'পিঅ'নিকাম (পূৰ্বতে ক্লষ্ট্ৰিডিয়াম প্ৰপিঅ'নিকাম আৰু ক্লষ্ট্ৰিডিয়াম নিওপ্ৰ'পিঅ'নিকাম)। অণুজীৱ ১১, ৬৮৫. doi: ১০.৩৩৯০/অণুজীৱ১১০৩০৬৮৫
বেজাৰ এফ ডব্লিউ, স্পেন্সৰ টি ই, ৱু জি, কাড টি এ, মেইনিংগাৰ এছ জে (২০০৪)। মাতৃৰ পুষ্টি আৰু ভ্ৰুণৰ বিকাশ। J Nutr. ১৩৪, ২১৬৯–২১৭২। doi: ১০.১০৯৩/jn/১৩৪.৯.২১৬৯
বেঞ্জামিন, ৱাই, আৰু হোচবাৰ্গ, জে (১৯৯৫)। মিছা-ধনাত্মক হাৰ নিয়ন্ত্ৰণ কৰা: একাধিক পৰীক্ষাৰ বাবে এক ব্যৱহাৰিক আৰু কাৰ্যক্ষম পদ্ধতি। জে আৰ ষ্টেট ছক চেৰ বি মেথডল। ৫৭, ২৮৯–৩০০। ড’ই: ১০.১১১১/জে.২৫১৭-৬১৬১.১৯৯৫.টিবি০২০৩১.এক্স